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- PDB-5moq: Joint X-ray/neutron structure of cationic trypsin in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5moq
タイトルJoint X-ray/neutron structure of cationic trypsin in complex with benzamidine
要素Cationic trypsin
キーワードHYDROLASE / hydrogen bonding / protonation / protein-ligand interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / DEUTERATED WATER / Serine protease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 中性子回折 / シンクロトロン / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 0.93 Å
データ登録者Schiebel, J. / Schrader, T.E. / Ostermann, A. / Heine, A. / Klebe, G.
資金援助1件
組織認可番号国
European Research Council268145-DrugProfilBind
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Intriguing role of water in protein-ligand binding studied by neutron crystallography on trypsin complexes.
著者: Schiebel, J. / Gaspari, R. / Wulsdorf, T. / Ngo, K. / Sohn, C. / Schrader, T.E. / Cavalli, A. / Ostermann, A. / Heine, A. / Klebe, G.
履歴
登録2016年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年11月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02021年8月4日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _entity.formula_weight / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5814
ポリマ－23,3241
非ポリマー2563
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20520 Å2
ΔGint24 kcal/mol
Surface area9420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.901, 58.614, 67.604
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cationic trypsin / Beta-trypsin


分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE


分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-DOD / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5, 13.0-16.5% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12951
22951
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P14 (MX2)10.7749
NUCLEAR REACTORFRM II BIODIFF22.673
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2015年6月10日
MAATEL BIODIFF2IMAGE PLATE2014年9月27日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.77491
22.6731
反射

Entry-ID: 5MOQ

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
0.93-42.61814572799.58.6330.039128.68
1.5-503171389.42.40.071210.197
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
0.93-0.998.4350.5654.47198.8
1.5-1.531.70.2673.244269.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2429)精密化
XDSデータ削減
HKL-2000データ削減
XDSデータスケーリング
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化

SU ML: 0.04 / R Free selection details: Random selection / 交差検証法: THROUGHOUT / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 6.8 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 4I8H

4i8h

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)Diffraction-IDσ(F)
0.93-27.451X-RAY DIFFRACTION0.10320.09590.096373301456395.0399.5111.35
1.502-25.434NEUTRON DIFFRACTION0.16670.15040.15121573316934.9689.422
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.93→27.451 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1609 0 15 175 1799
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063963
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1896737
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4041030
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.098281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008813
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0063963
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.1896737
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4041030
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.098281
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.008813
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.9303-0.94080.17732080.17444472X-RAY DIFFRACTION98
0.9408-0.95190.17012190.15444585X-RAY DIFFRACTION99
0.9519-0.96350.16162310.1464526X-RAY DIFFRACTION99
0.9635-0.97570.13812600.1354528X-RAY DIFFRACTION100
0.9757-0.98850.12842590.12194525X-RAY DIFFRACTION99
0.9885-1.00210.11842140.11494600X-RAY DIFFRACTION99
1.0021-1.01640.10432660.10064565X-RAY DIFFRACTION100
1.0164-1.03160.11092540.09384545X-RAY DIFFRACTION100
1.0316-1.04770.09832330.08374597X-RAY DIFFRACTION100
1.0477-1.06490.08292250.07674614X-RAY DIFFRACTION100
1.0649-1.08320.07782520.07384574X-RAY DIFFRACTION99
1.0832-1.10290.0752200.06854592X-RAY DIFFRACTION99
1.1029-1.12410.0732480.06244554X-RAY DIFFRACTION99
1.1241-1.14710.06792380.06074619X-RAY DIFFRACTION100
1.1471-1.1720.06742570.06064546X-RAY DIFFRACTION100
1.172-1.19930.0742320.06264634X-RAY DIFFRACTION100
1.1993-1.22930.07292440.06374591X-RAY DIFFRACTION100
1.2293-1.26250.07642610.06454592X-RAY DIFFRACTION100
1.2625-1.29970.07362570.06584623X-RAY DIFFRACTION100
1.2997-1.34160.07112360.06834594X-RAY DIFFRACTION100
1.3416-1.38960.08252670.07154591X-RAY DIFFRACTION100
1.3896-1.44520.08222450.06994616X-RAY DIFFRACTION99
1.4452-1.5110.08152730.07024592X-RAY DIFFRACTION100
1.511-1.59060.08542610.07314643X-RAY DIFFRACTION100
1.5906-1.69030.08322540.07594658X-RAY DIFFRACTION100
1.6903-1.82080.07842390.07964686X-RAY DIFFRACTION100
1.8208-2.0040.08392600.08384657X-RAY DIFFRACTION100
2.004-2.29380.10432480.09314714X-RAY DIFFRACTION100
2.2938-2.88940.11782390.1144742X-RAY DIFFRACTION99
2.8894-27.46240.15412300.14044934X-RAY DIFFRACTION99
1.5021-1.55060.23851250.22772098NEUTRON DIFFRACTION71
1.5506-1.6060.21641390.19362439NEUTRON DIFFRACTION81
1.606-1.67030.2161390.18082567NEUTRON DIFFRACTION85
1.6703-1.74630.17981210.16152692NEUTRON DIFFRACTION88
1.7463-1.83840.17741650.15712748NEUTRON DIFFRACTION91
1.8384-1.95350.16391540.14592832NEUTRON DIFFRACTION93
1.9535-2.10430.14471530.13412869NEUTRON DIFFRACTION94
2.1043-2.31590.1451380.12692749NEUTRON DIFFRACTION90
2.3159-2.65070.13291510.1282897NEUTRON DIFFRACTION94
2.6507-3.33850.16281340.14513090NEUTRON DIFFRACTION98
3.3385-25.43740.15451540.14483139NEUTRON DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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