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- PDB-1io6: GROWTH FACTOR RECEPTOR-BOUND PROTEIN 2 (GRB2) C-TERMINAL SH3 DOMA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1io6
タイトルGROWTH FACTOR RECEPTOR-BOUND PROTEIN 2 (GRB2) C-TERMINAL SH3 DOMAIN COMPLEXED WITH A LIGAND PEPTIDE (NMR, MINIMIZED MEAN STRUCTURE)
要素
  • A LIGAND PEPTIDE
  • GROWTH FACTOR RECEPTOR-BOUND PROTEIN 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / SIGNAL TRANSDUCTION / SH3 DOMAIN / PROLINE-RICH PEPTIDE / COMPLEX (SH3 DOMAIN-PEPTIDE)
機能・相同性
機能・相同性情報


guanyl-nucleotide exchange factor adaptor activity / Grb2-EGFR complex / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / STAT5 Activation / COP9 signalosome / neurotrophin TRKA receptor binding / Activated NTRK2 signals through PI3K / MET receptor recycling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants ...guanyl-nucleotide exchange factor adaptor activity / Grb2-EGFR complex / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / STAT5 Activation / COP9 signalosome / neurotrophin TRKA receptor binding / Activated NTRK2 signals through PI3K / MET receptor recycling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Interleukin-15 signaling / MET activates PTPN11 / vesicle membrane / MET activates RAP1 and RAC1 / Costimulation by the CD28 family / Signaling by LTK / CD28 dependent Vav1 pathway / MET activates PI3K/AKT signaling / Signal regulatory protein family interactions / natural killer cell mediated cytotoxicity / Regulation of KIT signaling / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of actin filament polymerization / PI-3K cascade:FGFR3 / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR4 / endodermal cell differentiation / PI-3K cascade:FGFR1 / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / regulation of MAPK cascade / RHOU GTPase cycle / PI3K events in ERBB2 signaling / SOS-mediated signalling / RET signaling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / insulin receptor substrate binding / PI3K Cascade / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / signal transduction in response to DNA damage / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-related events triggered by IGF1R / GAB1 signalosome / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Interleukin receptor SHC signaling / Signal attenuation / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / Schwann cell development / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR4 signaling / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR2 in disease / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / myelination / Signaling by FGFR1 in disease / GRB2 events in ERBB2 signaling / ephrin receptor binding / NCAM signaling for neurite out-growth / phosphotyrosine residue binding / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Insulin receptor signalling cascade / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / cellular response to ionizing radiation / Regulation of signaling by CBL / Negative regulation of FGFR3 signaling / FCERI mediated MAPK activation / Negative regulation of FGFR2 signaling / FCGR3A-mediated phagocytosis / EGFR downregulation / Negative regulation of FGFR4 signaling / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Negative regulation of FGFR1 signaling
類似検索 - 分子機能
GRB2, N-terminal SH3 domain / GRB2, C-terminal SH3 domain / Grb2-like / SH3 Domains / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH3 type barrels. / SH2 domain ...GRB2, N-terminal SH3 domain / GRB2, C-terminal SH3 domain / Grb2-like / SH3 Domains / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH3 type barrels. / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth factor receptor-bound protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
Model type detailsminimized average
データ登録者Kawasaki, M. / Ogura, K. / Hatanaka, H. / Inagaki, F.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of the C-Terminal SH3 Domain of Grb2 Complexed with a Ligand Peptide: A Ligand Exchange Model of the SH3 Domain
著者: Kawasaki, M. / Ogura, K. / Yuzawa, S. / Terasawa, H. / Hatanaka, H. / Mandiyan, V. / Schlessinger, J. / Inagaki, F.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Solution Structure and Ligand-Binding Site of the C-Terminal SH3 Domain of Grb2
著者: Kohda, D. / Terasawa, H. / Ichikawa, S. / Ogura, K. / Hatanaka, H. / Mandiyan, V. / Ullrich, A. / Schlessinger, J. / Inagaki, F.
履歴
登録2001年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GROWTH FACTOR RECEPTOR-BOUND PROTEIN 2
B: A LIGAND PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0342
ポリマ－8,0342
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 100LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 GROWTH FACTOR RECEPTOR-BOUND PROTEIN 2 / GRB2-C-SH3


分子量: 6785.427 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL SH3(RESIDUE 159-215) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P62993
#2: タンパク質・ペプチド A LIGAND PEPTIDE


分子量: 1248.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED BY THE SOLID-PHASE FMOC STRATEGY. THE SEQUENCE OF THIS PEPTIDE IS ARTIFICIAL AND IS NOT NATURALLY FOUND.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: MEAN STRUCTURE. NULL

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試料調製

試料状態pH: 7.2 / 温度: 298. K

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER構造決定
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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