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万見
- PDB-1imv: 2.85 A crystal structure of PEDF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1imv
タイトル2.85 A crystal structure of PEDF
要素PIGMENT EPITHELIUM-DERIVED FACTOR
キーワードSIGNALING PROTEIN / serpin / PEDF / angiogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to cobalt ion / response to peptide / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / short-term memory / axon hillock / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / response to arsenic-containing substance / response to acidic pH / negative regulation of endothelial cell migration / ovulation cycle ...cellular response to cobalt ion / response to peptide / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / short-term memory / axon hillock / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / response to arsenic-containing substance / response to acidic pH / negative regulation of endothelial cell migration / ovulation cycle / positive regulation of neurogenesis / basement membrane / cellular response to retinoic acid / cellular response to dexamethasone stimulus / negative regulation of angiogenesis / kidney development / serine-type endopeptidase inhibitor activity / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of neuron projection development / melanosome / retina development in camera-type eye / : / negative regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pigment epithelium derived factor, serpin domain / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain ...Pigment epithelium derived factor, serpin domain / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pigment epithelium-derived factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Simonovic, M. / Gettins, P.G.W. / Volz, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of human PEDF, a potent anti-angiogenic and neurite growth-promoting factor.
著者: Simonovic, M. / Gettins, P.G. / Volz, K.
履歴
登録2001年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PIGMENT EPITHELIUM-DERIVED FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5502
ポリマ－44,3291
非ポリマー2211
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)176.174, 62.514, 45.406
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 PIGMENT EPITHELIUM-DERIVED FACTOR / PEDF


分子量: 44328.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pMA / 細胞株 (発現宿主): BHK
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P36955
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.2M ammonium fluoride, 20% PEG 3350, pH 6.20, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 58 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
117 mg/mlprotein1drop
20.2 Mammonium fluoride1reservoir
320 %PEG33501reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
22981
32981
放射光源
由来タイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RU20011.5418
回転陽極RIGAKU RU20021.5418
回転陽極RIGAKU RU20031.5418
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS IIC1IMAGE PLATE2001年4月6日focusing mirrors
RIGAKU RAXIS IIC2IMAGE PLATE2001年4月8日focusing mirrors
RIGAKU RAXIS IIC3IMAGE PLATE2001年4月10日focusing mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Ni FILTER + mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Ni FILTER + mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3Ni FILTER + mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→36.74 Å / Num. all: 11214 / Num. obs: 11214 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 45.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.85→3.03 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Num. unique all: 1166 / % possible all: 65.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 152138
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 65.4 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1QLP

1qlp


解像度: 2.85→36.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 200608.11 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Residues 1-15 and 353-360 are missing/disordered. The side chains of the following residues are disordered: THR16, ARG79, LYS126, LYS127, ARG174, LYS177, GLU178, ASP181, GLU182, LYS228, THR352.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1167 10.4 %RANDOM
Rwork0.188 ---
all-11241 --
obs-11241 91.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.78 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.92 Å20 Å20 Å2
2--7.44 Å20 Å2
3----3.52 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→36.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2923 0 14 45 2982
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.251.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.192
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.982.5
LS精密化 シェル解像度: 2.85→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 140 10.7 %
Rwork0.301 1166 -
obs-1166 65.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMCARBOHYDRATE.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3CARBOHYDRATE.PARAMWATER.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.4 % / Rfactor obs: 0.188
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 31.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.34 / % reflection Rfree: 10.7 % / Rfactor Rwork: 0.301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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