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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1imv | ||||||
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タイトル | 2.85 A crystal structure of PEDF | ||||||
要素 | PIGMENT EPITHELIUM-DERIVED FACTOR | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / serpin / PEDF / angiogenesis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / cellular response to cobalt ion / : / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / short-term memory / negative regulation of endopeptidase activity / axon hillock / response to arsenic-containing substance / response to acidic pH / ovulation cycle ...: / cellular response to cobalt ion / : / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / short-term memory / negative regulation of endopeptidase activity / axon hillock / response to arsenic-containing substance / response to acidic pH / ovulation cycle / negative regulation of endothelial cell migration / positive regulation of neurogenesis / basement membrane / cellular response to retinoic acid / cellular response to dexamethasone stimulus / negative regulation of angiogenesis / kidney development / cellular response to glucose stimulus / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of neuron projection development / negative regulation of inflammatory response / melanosome / retina development in camera-type eye / collagen-containing extracellular matrix / negative regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å | ||||||
データ登録者 | Simonovic, M. / Gettins, P.G.W. / Volz, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of human PEDF, a potent anti-angiogenic and neurite growth-promoting factor. 著者: Simonovic, M. / Gettins, P.G. / Volz, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1imv.cif.gz | 87.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1imv.ent.gz | 64.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1imv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/1imv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/1imv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1qlpS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44328.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pMA / 細胞株 (発現宿主): BHK 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P36955 |
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.36 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.2M ammonium fluoride, 20% PEG 3350, pH 6.20, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 58 % | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.85→36.74 Å / Num. all: 11214 / Num. obs: 11214 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 45.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 8.5 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.85→3.03 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Num. unique all: 1166 / % possible all: 65.4 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 152138 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 65.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1QLP 解像度: 2.85→36.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 200608.11 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Residues 1-15 and 353-360 are missing/disordered. The side chains of the following residues are disordered: THR16, ARG79, LYS126, LYS127, ARG174, LYS177, GLU178, ASP181, GLU182, LYS228, THR352.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.78 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→36.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.85→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.4 % / Rfactor obs: 0.188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 31.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.34 / % reflection Rfree: 10.7 % / Rfactor Rwork: 0.301 |