[日本語] English
万見
- PDB-1ilu: X-RAY CRYSTAL STRUCTURE THE TWO SITE-SPECIFIC MUTANTS ILE7SER AND... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ilu
タイトルX-RAY CRYSTAL STRUCTURE THE TWO SITE-SPECIFIC MUTANTS ILE7SER AND PHE110SER OF AZURIN FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA
要素AZURIN
キーワードMETALLOPROTEIN / ELECTRON TRANSFER PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Azurin / : / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Azurin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hammann, C. / Nar, H. / Huber, R. / Messerschmidt, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: X-ray crystal structure of the two site-specific mutants Ile7Ser and Phe110Ser of azurin from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Hammann, C. / Messerschmidt, A. / Huber, R. / Nar, H. / Gilardi, G. / Canters, G.W.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure Analysis of Oxidized Pseudomonas Aeruginosa Azurin at Ph 5.5 And Ph 9.0
著者: Nar, H. / Messerschmidt, A. / Huber, R. / Van De Kamp, M. / Canters, G.W.
履歴
登録1995年10月12日処理サイト: BNL
改定 1.01996年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AZURIN
B: AZURIN
C: AZURIN
D: AZURIN
E: AZURIN
F: AZURIN
G: AZURIN
H: AZURIN
I: AZURIN
K: AZURIN
L: AZURIN
M: AZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,58324
ポリマ－166,82012
非ポリマー76312
水12,899716
1
A: AZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9652
ポリマ－13,9021
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9652
ポリマ－13,9021
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: AZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9652
ポリマ－13,9021
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: AZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9652
ポリマ－13,9021
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: AZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9652
ポリマ－13,9021
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: AZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9652
ポリマ－13,9021
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: AZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9652
ポリマ－13,9021
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: AZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9652
ポリマ－13,9021
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: AZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9652
ポリマ－13,9021
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
K: AZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9652
ポリマ－13,9021
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
L: AZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9652
ポリマ－13,9021
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
M: AZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9652
ポリマ－13,9021
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.400, 170.100, 99.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
AZURIN


分子量: 13901.702 Da / 分子数: 12 / 変異: F110S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101 / 参照: UniProt: P00282
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 716 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.52 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17.5 mg/mlprotein1drop
20.1 Msodium acetate1drop
32.5 Mammonium sulfate1drop
40.6 Mlithium nitrate1drop
53.5 Mammonium sulfate1reservoir
61.0 Mlithium nitrate1reservoir

-
データ収集

放射光源波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年5月15日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. obs: 54140 / % possible obs: 86.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.106
反射
*PLUS
Num. measured all: 81888 / Rmerge(I) obs: 0.106
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.28 Å / 最低解像度: 2.37 Å / % possible obs: 74.8 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
CCP4(ROTAVATAデータ収集
Agrovataデータ収集
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.3→8 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rwork0.171 -
obs0.171 51595
原子変位パラメータBiso mean: 23.7 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.01 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14268 0 12 2148 16428
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.94
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.7

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る