+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6iav | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | CO-AZURIN FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA TREATED WITH HYDROSULFIDE | ||||||
![]() | Azurin | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / COBALT PROTEIN / HYDROSULFIDE SENSOR | ||||||
Function / homology | ![]() transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Palm, G.J. / Kohlhause, D. | ||||||
![]() | ![]() Title: Azurin and HS-: towards implementation of a sensor for HS- detection. Authors: Strianese, M. / Palm, G.J. / Kohlhause, D. / Ndamba, L.A. / Tabares, L.C. / Pellecchia, C. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 210.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 170.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.3 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 2.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 28.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6gyiS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 128 / Label seq-ID: 1 - 127
NCS ensembles :
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 13890.722 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CO / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.21 % / Description: TRAPEZOIDAL PLATES |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 30% PEG 4000, 100 MM TRIS PH 7.5, 200 MM CACL2, 10 MM NA2S. CRYOPROTECTANT: 10% PEG 4000, 20% PEG 400, 100 MM TRIS PH 7.5, 200 MM CACL2, PH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jul 2, 2017 / Details: Si111 |
Radiation | Monochromator: mirror / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.6039 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→50.48 Å / Num. obs: 31819 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 32.9 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 6.9 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.05 Å / Redundancy: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2242 / Rsym value: 0.464 / % possible all: 92.7 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6GYI Resolution: 2→50.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 26.746 / SU ML: 0.296 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.228 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 50.296 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2→50.48 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|