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- PDB-2hx8: Crystal structure of Cu(I) Azurin with the metal-binding loop seq... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hx8
タイトルCrystal structure of Cu(I) Azurin with the metal-binding loop sequence "CTFPGHSALM" replaced with "CSPHQGAGM", at pH5
要素Azurin
キーワードELECTRON TRANSPORT / BLUE COPPER-BINDING PROTEIN / GREEK-KEY BETA-BARREL / LOOP MUTAGENESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Azurin / : / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / Azurin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / Direct use of Oxidised structure in same crystal form / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Banfield, M.J.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007
タイトル: Engineering Copper Sites in Proteins: Loops Confer Native Structures and Properties to Chimeric Cupredoxins.
著者: Li, C. / Banfield, M.J. / Dennison, C.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006
タイトル: Basic requirements for a metal-binding site in a protein: The influence of loop shorteneing on the cupredoxin azurin
著者: Chan, L. / Yanagisawa, S. / Martins, B.M. / Messerschmidt, A. / Banfield, M.J. / Dennison, C.
履歴
登録2006年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Azurin
B: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6984
ポリマ－27,5712
非ポリマー1272
水8,071448
1
A: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8492
ポリマ－13,7861
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8492
ポリマ－13,7861
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.905, 65.345, 97.707
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Azurin


分子量: 13785.544 Da / 分子数: 2 / 変異: Metal binding loop / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: azu / プラスミド: TRK99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101 / 参照: UniProt: P00282
#2: 化合物 ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 29-31% PEG 4000, 100mM magnesium chloride, 100mM Sodium acetate, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月13日 / 詳細: Osmic "blue"
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.547→54.317 Å / Num. obs: 33470 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. measured all: 31142 / Num. unique all: 4783 / Rsym value: 0.302 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: Direct use of Oxidised structure in same crystal form
開始モデル: Cu(II) form of the protein

解像度: 1.6→54.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.821 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, BUT NOT OUTPUT TO FINAL FILE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.184 1667 5 %RANDOM
Rwork0.138 ---
all0.14 ---
obs0.14 33411 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.285 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0.97 Å20 Å2
3---0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→54.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1902 0 2 448 2352
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0211944
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021271
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5431.9432646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9253.0033126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.2365266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.25426.54381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.91615327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.045152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02350
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1910.21285
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.2942
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.2964
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2254
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0020.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1150.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.220.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1310.233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5951.51649
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5771.5527
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.95622043
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9663761
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9454.5595
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.44833878
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.0933450
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.33633173
LS精密化 シェル解像度: 1.603→1.644 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 128 -
Rwork0.203 2270 -
obs-2398 98.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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