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- PDB-4kob: Investigating the functional significance of the interlocked pair... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kob | ||||||
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Title | Investigating the functional significance of the interlocked pair structural determinants in Pseudomonas aeruginosa azurin (V31I/V95I) | ||||||
![]() | Azurin | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / cupredoxin fold / computational protein design / copper binding | ||||||
Function / homology | ![]() transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Inampudi, K.K. / Meng, W. / Tobin, P.H. / Wilson, C.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Investigating the functional significance of the interlocked pair structural determinants in Pseudomonas aeruginosa azurin (V31I/V95I) Authors: Inampudi, K.K. / Meng, W. / Tobin, P.H. / Wilson, C.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 120.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 100.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 13989.853 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 21-148 / Mutation: V31I/V95I Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CU / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.14 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 100 mM Tris-HCl, 100 mM lithium nitrate, 10 mM copper sulfate, 30% PEG4000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944 / Detector: CCD / Date: Jul 7, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.86→30.85 Å / Num. obs: 42474 / % possible obs: 96.14 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 |
Reflection shell | Highest resolution: 1.86 Å |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.867→30.846 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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