+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ikq | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Pseudomonas Aeruginosa Exotoxin A, wild type | ||||||
![]() | EXOTOXIN A | ||||||
![]() | TRANSFERASE / DOMAIN I / II / III of EXOTOXIN A | ||||||
機能・相同性 | ![]() NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase / NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity / toxin activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | McKay, D.B. / Wedekind, J.E. / Trame, C.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Refined Crystallographic Structure of Pseudomonas aeruginosa Exotoxin A and its Implications for the Molecular Mechanism of Toxicity 著者: Wedekind, J.E. / Trame, C.B. / Dorywalska, M. / Koehl, P. / Raschke, T.M. / McKee, M. / FitzGerald, D. / Collier, R.J. / McKay, D.B. #1: ![]() タイトル: Crystallization of Exotoxin A from Pseudomonas aeruginosa 著者: Collier, R.J. / McKay, D.B. #2: ![]() タイトル: Structure of Exotoxin A of Pseudomonas aeruginosa at 3.0-Angstrom Resolution 著者: Allured, V.S. / Collier, R.J. / Carroll, S.F. / McKay, D.B. #3: ![]() タイトル: Mapping the Enzymatic Active Site of Pseudomonas aeruginosa Exotoxin A 著者: Brandhuber, B.J. / Allured, V.S. / G., Falbel T. / B., McKay D. #4: ![]() タイトル: The Crystal Structure of Pseudomonas aeruginosa Exotoxin Domain III with Nicotinamide and AMP: conformational differences with the intact exotoxin 著者: Li, M. / Dyda, F. / Benhar, I. / Pastan, I. / Davies, D.R. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 141.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 108.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 438.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66871.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P11439, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.23 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 8000, sodium chloride, hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K |
結晶化 | *PLUS 詳細: Collier, R.J., (1982) J. Mol. Biol., 157, 413. |
-データ収集
回折 |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 |
| ||||||||||||||||||
検出器 |
| ||||||||||||||||||
放射 |
| ||||||||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.62→50 Å / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 | ||||||||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 80328 / % possible obs: 93 % / Num. measured all: 224879 / Rmerge(I) obs: 0.04 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.62 Å / 最低解像度: 1.71 Å / % possible obs: 91 % / Rmerge(I) obs: 0.185 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3A EXOTOXIN A model (ref. 3) 解像度: 1.62→49.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1832154.15 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.8 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.5 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.62→49.79 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.62→1.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. reflection obs: 73810 / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 8.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 27.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.32 / % reflection Rfree: 7.8 % / Rfactor Rwork: 0.286 / Rfactor obs: 0.286 |