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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ik3 | ||||||
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タイトル | LIPOXYGENASE-3 (SOYBEAN) COMPLEX WITH 13(S)-HYDROPEROXY-9(Z),11(E)-OCTADECADIENOIC ACID | ||||||
![]() | LIPOXYGENASE-3 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / PURPLE LIPOXYGENASE / FE(III) COMPLEX / INTERM | ||||||
機能・相同性 | ![]() linoleate 9S-lipoxygenase / linoleate 9S-lipoxygenase activity / oxylipin biosynthetic process / lipid oxidation / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Skrzypczak-Jankun, E. / Funk Jr., M.O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional structure of a purple lipoxygenase. 著者: Skrzypczak-Jankun, E. / Bross, R.A. / Carroll, R.T. / Dunham, W.R. / Funk, M.O. #1: ![]() タイトル: Structure of Soybean Lipoxygenase L3 and a Comparison with its L1 Isoenzyme 著者: Skrzypczak-Jankun, E. / Amzel, L.M. / Kroa, B.A. / Funk Jr., M.O. #2: ![]() タイトル: Structural and Thermochemical Characterization of Lipoxygenase-Catechol Complexes 著者: Pham, C. / Jankun, J. / Skrzypczak-Jankun, E. / Flowers II, R.A. / Funk Jr., M.O. #3: ![]() タイトル: Curcumin Inhibits Lipoxygenase by Binding to its Central Cavity: Theoretical and X-Ray Evidence. 著者: Skrzypczak-Jankun, E. / Mccabe, N.P. / Selman, S.H. / Jankun, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 195.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 152.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1lnhS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 96919.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 534分子 ![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/13S.gif)
![](data/chem/img/13R.gif)
![](data/chem/img/9OH.gif)
![](data/chem/img/11O.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/13S.gif)
![](data/chem/img/13R.gif)
![](data/chem/img/9OH.gif)
![](data/chem/img/11O.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
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#3: 化合物 | ChemComp-13S / |
#4: 化合物 | ChemComp-13R / |
#5: 化合物 | ChemComp-9OH / ( |
#6: 化合物 | ChemComp-11O / ( |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: PEG 8000, citrate-phosphate buffer, sodium azide, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 23 ℃詳細: drop1:drop2:drop3:drop4=3:6:1:2ratio, Skrzypczak-Jankun, E., (1997) Proteins: Struct.,Funct., Genet., 29, 15. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 296 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. all: 48693 / Num. obs: 41035 / % possible obs: 78 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 68 |
反射 | *PLUS % possible obs: 78 % / Num. measured all: 107634 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 68 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1LNH, PROTEIN ONLY 解像度: 2→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: DISORDERED REGIONS 1-8 AND 33-45 WERE OMITTED FROM CALCULATIONS. There are four ligands in the coordinate section: 13S, 13R, 9OH, and 11O. 13S is alternate conformation A, occupancy 1.00. 13R ...詳細: DISORDERED REGIONS 1-8 AND 33-45 WERE OMITTED FROM CALCULATIONS. There are four ligands in the coordinate section: 13S, 13R, 9OH, and 11O. 13S is alternate conformation A, occupancy 1.00. 13R is alternate conformation B, occupancy 0.00. 9OH is alternate conformation C, occupancy 0.00. 11O is alternate conformation D, occupancy 0.00. The author refined both R and S conformations of the 13-hydroperoxy-9(Z),11(E)-octadecadienoic acid and the S came with lower discrepancy factor. Also in the soaking solution S was present as 86% versus only 14% of R. However it DOES NOT mean that the occupancy was 0.86 and 0.14 because lipoxygenase isozyme L3 turns 60% of R and 40% of S in its catalytic reaction, so it is difficult to judge what was the REAL occupancy for these two 13-S,R-isomers, because of the enzyme different affinity to them. Please see the primary citation for more details. The Rvalues for the S and R isomers are the following: for S-isomer R=0.196, Rfree=0.296; for R-isomer R=0.204, Rfree=0.302. The other two compounds 9OH and 11O were modelled to the density, no refinement, no energy minimization. The structure is metastable and it is highly possible for substrates and products to be there simultaneously.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 35.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 40 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 35.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS % reflection Rfree: 4 % |