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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ijx | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE CYSTEINE-RICH DOMAIN OF SECRETED FRIZZLED-RELATED PROTEIN 3 (SFRP-3;FZB) | ||||||
要素 | SECRETED FRIZZLED-RELATED SEQUENCE PROTEIN 3 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / WNT RECEPTOR / FRIZZLED PROTEIN STRUCTURE / CYSTEINE-RICH | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of hepatocyte differentiation / negative regulation of cell development / convergent extension involved in organogenesis / cochlea morphogenesis / negative regulation of cartilage development / somite development / non-canonical Wnt signaling pathway / Wnt-protein binding / hepatocyte differentiation / neural crest cell differentiation ...negative regulation of hepatocyte differentiation / negative regulation of cell development / convergent extension involved in organogenesis / cochlea morphogenesis / negative regulation of cartilage development / somite development / non-canonical Wnt signaling pathway / Wnt-protein binding / hepatocyte differentiation / neural crest cell differentiation / inner ear morphogenesis / epithelial cell development / negative regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of fat cell differentiation / canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of cell growth / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular region / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Dann III, C.E. / Hsieh, J.C. / Rattner, A. / Sharma, D. / Nathans, J. / Leahy, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2001 タイトル: Insights into Wnt binding and signalling from the structures of two Frizzled cysteine-rich domains. 著者: Dann III, C.E. / Hsieh, J.C. / Rattner, A. / Sharma, D. / Nathans, J. / Leahy, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ijx.cif.gz | 157.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ijx.ent.gz | 132.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ijx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ijx_validation.pdf.gz | 485.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ijx_full_validation.pdf.gz | 500.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ijx_validation.xml.gz | 35.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ijx_validation.cif.gz | 49.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/1ijx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/1ijx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14199.509 Da / 分子数: 6 / 断片: CYSTEINE-RICH DOMAIN / 変異: N17E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: SFRP-3 / プラスミド: PSGHV0 / Cell (発現宿主): OVARY CELLS 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P97401 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.16 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: PEG 3350, PEG 400, Sodium Hepes, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9203 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月11日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9203 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 61210 / Num. obs: 61070 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 26.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.679 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 6167 / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rwork: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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