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万見
- PDB-1igj: 26-10 FAB:DIGOXIN COMPLEX-AFFINITY AND SPECIFICITY DUE TO SURFACE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1igj
タイトル26-10 FAB:DIGOXIN COMPLEX-AFFINITY AND SPECIFICITY DUE TO SURFACE COMPLEMENTARITY
要素
  • IGG2A-KAPPA 26-10 FAB (HEAVY CHAIN)
  • IGG2A-KAPPA 26-10 FAB (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DIGOXIN / : / :
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Jeffrey, P.D. / Sheriff, S.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: 26-10 Fab-digoxin complex: affinity and specificity due to surface complementarity.
著者: Jeffrey, P.D. / Strong, R.K. / Sieker, L.C. / Chang, C.Y. / Campbell, R.L. / Petsko, G.A. / Haber, E. / Margolies, M.N. / Sheriff, S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Crystallization of the Fab Fragment of a Monoclonal Anti-Digoxin Antibody and its Complex with Digoxin
著者: Rose, D.R. / Seaton, B.A. / Petsko, G.A. / Novotny, J. / Margolies, M.N. / Locke, E. / Haber, E.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1991
タイトル: Solution of a Fab (26-10)Digoxin Complex by Generalized Molecular Replacement
著者: Brunger, A.T.
履歴
登録1993年2月19日処理サイト: BNL
改定 1.01993年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IGG2A-KAPPA 26-10 FAB (LIGHT CHAIN)
B: IGG2A-KAPPA 26-10 FAB (HEAVY CHAIN)
C: IGG2A-KAPPA 26-10 FAB (LIGHT CHAIN)
D: IGG2A-KAPPA 26-10 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,2916
ポリマ－94,7294
非ポリマー1,5622
水00
1
A: IGG2A-KAPPA 26-10 FAB (LIGHT CHAIN)
B: IGG2A-KAPPA 26-10 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1463
ポリマ－47,3652
非ポリマー7811
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4530 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19050 Å2
手法PISA
2
C: IGG2A-KAPPA 26-10 FAB (LIGHT CHAIN)
D: IGG2A-KAPPA 26-10 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1463
ポリマ－47,3652
非ポリマー7811
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.160, 164.430, 70.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: RESIDUES 8, 95, 141 OF THE A AND C CHAINS AND 149, 151, 200 OF THE B AND D CHAINS ARE CIS PROLINES.

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要素

#1: 抗体 IGG2A-KAPPA 26-10 FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 24057.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: A/J / 参照: PIR: S52028
#2: 抗体 IGG2A-KAPPA 26-10 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 23307.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: A/J / 参照: PIR: S38950
#3: 化合物 ChemComp-DGX / DIGOXIN / ジゴキシン


分子量: 780.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H64O14 / コメント: 薬剤*YM
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細DIGOXIN IS DIGOXIGENIN TRIDIGITOXOSIDE, HOWEVER, THERE IS NO ELECTRON DENSITY FOR THE OUTERMOST TWO ...DIGOXIN IS DIGOXIGENIN TRIDIGITOXOSIDE, HOWEVER, THERE IS NO ELECTRON DENSITY FOR THE OUTERMOST TWO DIGITOXOSES IN BOTH COMPLEXES.
配列の詳細THE FAB FRAGMENT IS NUMBERED BY THE CONVENTION OF E.KABAT (E.A.KABAT,T.T.WU,H.M.PERRY,K.S. ...THE FAB FRAGMENT IS NUMBERED BY THE CONVENTION OF E.KABAT (E.A.KABAT,T.T.WU,H.M.PERRY,K.S.GOTTESMAN,C.FOELLER SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST, 5TH ED., (1991), NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH,BETHESDA,MD.).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.67 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
116-18 %(w/w)PEG800011
21.7 %(v/v)MPD11
310 mMsodium phosphate11

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 27121 / Num. measured all: 68345 / Rmerge(I) obs: 0.048

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.5→8 Å / Rfactor Rwork: 0.176 / σ(F): 1
詳細: CRYSTALS ARE TWINNED BY HEMI-MEROHEDRY SUCH THAT (H,K,L) REFLECTIONS FROM ONE LATTICE AND (H,K,-H-L) REFLECTIONS FROM THE OTHER LATTICE ARE SPATIALLY OVERLAPPED. TWIN FRACTION FOR CRYSTAL ...詳細: CRYSTALS ARE TWINNED BY HEMI-MEROHEDRY SUCH THAT (H,K,L) REFLECTIONS FROM ONE LATTICE AND (H,K,-H-L) REFLECTIONS FROM THE OTHER LATTICE ARE SPATIALLY OVERLAPPED. TWIN FRACTION FOR CRYSTAL WHOSE DATA THE MODEL WAS REFINED AGAINST WAS ESTIMATED AT 43%. THE FOLLOWING REGIONS OF THE HEAVY CHAINS (B AND D) WERE INCLUDED IN THE MODEL BUT HAVE POORLY DEFINED ELECTRON DENSITY: 25 - 31, 53 - 56, AND 127 - 137.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6578 0 74 0 6652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.39
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 25135 / Rfactor Rwork: 0.174
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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