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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1igd | ||||||
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タイトル | THE THIRD IGG-BINDING DOMAIN FROM STREPTOCOCCAL PROTEIN G: AN ANALYSIS BY X-RAY CRYSTALLOGRAPHY OF THE STRUCTURE ALONE AND IN A COMPLEX WITH FAB | ||||||
要素 | PROTEIN G | ||||||
キーワード | IMMUNOGLOBULIN BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus sp. G148 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.1 Å | ||||||
データ登録者 | Derrick, J.P. / Wigley, D.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: The third IgG-binding domain from streptococcal protein G. An analysis by X-ray crystallography of the structure alone and in a complex with Fab. 著者: Derrick, J.P. / Wigley, D.B. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Two Crystal Structures of the B1 Immunoglobulin-Binding Domain of Streptococcal Protein G and Comparison with NMR 著者: Gallagher, T. / Alexander, P. / Bryan, P. / Gilliland, G.L. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1992 タイトル: Crystal Structure of a Streptococcal Protein G Domain Bound to an Fab Fragment 著者: Derrick, J.P. / Wigley, D.B. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992 タイトル: 1.67 Angstroms X-Ray Structure of the B2 Immunoglobulin-Binding Domain of Streptococcal Protein G and Comparison to the NMR Structure of the B1 Domain 著者: Achari, A. / Hale, S.P. / Howard, A.J. / Clore, G.M. / Gronenborn, A.M. / Hardman, K.D. / Whitlow, M. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Determination of the Solution Structures of Domains II and III of Protein G from Streptococcus by 1H Nuclear Magnetic Resonance 著者: Lian, L.Y. / Derrick, J.P. / Sutcliffe, M.J. / Yang, J.C. / Roberts, G.C.K. #5: ジャーナル: Science / 年: 1991 タイトル: A Novel, Highly Stable Fold of the Immunoglobulin Binding Domain of Streptococcal Protein G 著者: Gronenborn, A.M. / Filpula, D.R. / Essig, N.Z. / Achari, A. / Whitlow, M. / Wingfield, P.T. / Clore, G.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1igd.cif.gz | 25.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1igd.ent.gz | 16.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1igd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1igd_validation.pdf.gz | 406.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1igd_full_validation.pdf.gz | 406.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1igd_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1igd_validation.cif.gz | 8.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/1igd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/1igd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6657.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus sp. G148 (バクテリア) プラスミド: PUC18 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: P06654 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.81 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 4.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 23530 / % possible obs: 95 % |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.1 Å / 最低解像度: 25 Å / Rmerge(I) obs: 0.058 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.1→25 Å / Rfactor obs: 0.193 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→25 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ/X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.193 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |