PDB-2dah: Solution Structure of the C-terminal UBA Domain in the Human Ubiq...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2dah

タイトル

Solution Structure of the C-terminal UBA Domain in the Human Ubiquilin 3

要素

Ubiquilin-3

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Ubiquilin-3 / UBA domain / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to stress / polyubiquitin modification-dependent protein binding / regulation of proteasomal protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, restrained molecular dynamics

データ登録者

Zhao, C. / Kigawa, T. / Sato, M. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of the C-terminal UBA Domain in the Human Ubiquilin 3
著者: Zhao, C. / Kigawa, T. / Sato, M. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2005年12月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2dah.cif.gz	299.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2dah.ent.gz	248.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2dah.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/2dah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/2dah	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1bdc-d 6ww4-2 2knz-d 1igd-d 1pog-d 1w4k-d 2hf1-1 1iha-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hsg002000983.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquilin-3

5.55 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function, structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Ubiquilin-3 分子量: 5552.050 Da / 分子数: 1 / 断片: UBA domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: UBQLN3 / プラスミド: P050613-28 / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: Q9H347

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 0.80mM UBA domain U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl (pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 296.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker	collection
NMRPipe	20030801	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B. A.	データ解析
KUJIRA	0.9321	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	1.0.8	Guntert, P.	構造決定
CYANA	1.0.8	Guntert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics, restrained molecular dynamics
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function, structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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