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- PDB-1if2: X-RAY STRUCTURE OF LEISHMANIA MEXICANA TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1if2
タイトルX-RAY STRUCTURE OF LEISHMANIA MEXICANA TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE COMPLEXED WITH IPP
要素TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASEトリオースリン酸イソメラーゼ
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / TIM barrel (TIMバレル) / transition state analogue
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosome / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / トリオースリン酸イソメラーゼ / triose-phosphate isomerase activity / 糖新生 / glycolytic process / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / トリオースリン酸イソメラーゼ / Triosephosphate isomerase superfamily / トリオースリン酸イソメラーゼ / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / トリオースリン酸イソメラーゼ / Triosephosphate isomerase superfamily / トリオースリン酸イソメラーゼ / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
[2(FORMYL-HYDROXY-AMINO)-ETHYL]-PHOSPHONIC ACID / トリオースリン酸イソメラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kursula, I. / Partanen, S. / Lambeir, A.-M. / Antonov, D.M. / Augustyns, K. / Wierenga, R.K.
引用ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2001
タイトル: Structural determinants for ligand binding and catalysis of triosephosphate isomerase.
著者: Kursula, I. / Partanen, S. / Lambeir, A.M. / Antonov, D.M. / Augustyns, K. / Wierenga, R.K.
履歴
登録2001年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3772
ポリマ－27,2081
非ポリマー1691
水3,855214
1
A: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
ヘテロ分子

A: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7554
ポリマ－54,4162
非ポリマー3382
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19040 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)99.234, 52.825, 58.937
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.03, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE / トリオースリン酸イソメラーゼ / E.C.5.3.1.1 / TIM


分子量: 27208.236 Da / 分子数: 1 / 変異: E65Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
プラスミド: PET3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P48499, トリオースリン酸イソメラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-129 / [2(FORMYL-HYDROXY-AMINO)-ETHYL]-PHOSPHONIC ACID / [2-(ホルミルヒドロキシアミノ)エチル]ホスホン酸


分子量: 169.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8NO5P
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PEG 6000, CH3COOH/NaOH, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 295K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
121 %PEG60001reservoir
2100 mM1reservoirpH4.5CH3COOH/NaOH
31 mMdithiothreitol1reservoirreduced
41 mMEDTA1reservoir
51 mMsodium azide1reservoir
611 mg/mlprotein1drop
710 mM2-phosphoglycolate1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 18318 / Num. obs: 18318 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 18.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.158 / Mean I/σ(I) obs: 9.3 / Num. unique all: 1843 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 74174
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.181 916 5 %random
Rwork0.16 ---
all0.136 18318 --
obs0.136 18318 --
原子変位パラメータBiso mean: 22.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1900 0 10 214 2124
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.1
LS精密化 シェル解像度: 2→2.09 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 124 -
Rwork0.128 --
obs-2207 98.8 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.16
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 22.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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