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万見
- PDB-1ict: MONOCLINIC FORM OF HUMAN TRANSTHYRETIN COMPLEXED WITH THYROXINE (T4) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ict
タイトルMONOCLINIC FORM OF HUMAN TRANSTHYRETIN COMPLEXED WITH THYROXINE (T4)
要素TRANSTHYRETIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ALBUMIN / TRANSPORT / AMYLOID / THYROID HORMONE / LIVER / PLASMA / POLYNEUROPATHY / THYROXINE / PREALBUMIN / GREEK KEY BETA BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family ...Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,5,3',5'-TETRAIODO-L-THYRONINE / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Wojtczak, A. / Neumann, P. / Cody, V.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Structure of a new polymorphic monoclinic form of human transthyretin at 3 A resolution reveals a mixed complex between unliganded and T4-bound tetramers of TTR.
著者: Wojtczak, A. / Neumann, P. / Cody, V.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993
タイトル: STRUCTURAL ASPECTS OF INOTROPIC BIPYRIDINE BINDING. CRYSTAL STRUCTURE DETERMINATION TO 1.9 A OF THE HUMAN SERUM TRANSTHYRETIN-MILRINONE COMPLEX
著者: WOJTCZAK, A. / LUFT, J.R. / CODY, V.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992
タイトル: MECHANISM OF MOLECULAR RECOGNITION. STRUCTURAL ASPECTS OF 3,3'-DIIODO-L-THYRONINE BINDING TO HUMAN SERUM TRANSTHYRETIN
著者: WOJTCZAK, A. / LUFT, J.R. / CODY, V.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: STRUCTURES OF HUMAN TRANSTHYRETIN COMPLEXED WITH THYROXINE AT 2.0 A RESOLUTION AND 3',5'-DINITRO-N-ACETYL-L-THYRONINE AT 2.2 A RESOLUTION
著者: WOJTCZAK, A. / CODY, V. / LUFT, J.R. / PANGBORN, W.
履歴
登録2001年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSTHYRETIN
B: TRANSTHYRETIN
C: TRANSTHYRETIN
D: TRANSTHYRETIN
E: TRANSTHYRETIN
F: TRANSTHYRETIN
G: TRANSTHYRETIN
H: TRANSTHYRETIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,77310
ポリマ－110,2198
非ポリマー1,5542
水00
1
A: TRANSTHYRETIN
B: TRANSTHYRETIN
C: TRANSTHYRETIN
D: TRANSTHYRETIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6636
ポリマ－55,1094
非ポリマー1,5542
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7990 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area18860 Å2
手法PISA
2
E: TRANSTHYRETIN
F: TRANSTHYRETIN
G: TRANSTHYRETIN
H: TRANSTHYRETIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1094
ポリマ－55,1094
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6170 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area19670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.690, 96.660, 81.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.15401, -0.92334, -0.35175), (0.9134, -0.00272, 0.40706), (-0.37681, -0.38398, 0.84295)
ベクター: -33.73061, -71.70456, 30.62044)
詳細THIS ENTRY CONTAINS TWO COMPLETE HUMAN TETRAMERS (TTR) IN THE ASSYMETRIC UNIT OF THE CELL. THEY ARE RELATED BY NCS MATRIX ( 0.15401 -0.92334 -0.35175 ) ( 0.91340 -0.00272 0.40706 ) ( -0.37681 -0.38398 0.84295 ); T= ( -33.73061 -71.70456 30.62044 );

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要素

#1: タンパク質
TRANSTHYRETIN / PREALBUMIN / TTR / TBPA / ATTR


分子量: 13777.360 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: PLASMA / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-T44 / 3,5,3',5'-TETRAIODO-L-THYRONINE / チロキシン


分子量: 776.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H11I4NO4 / コメント: ホルモン*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: hangman hanging drop crystallization method / pH: 4.9
詳細: 55% AMMONIUM SULFATE; 0.1 M PHOSPHATE BUFFER, pH 4.9, HANGMAN HANGING DROP CRYSTALLIZATION METHOD, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
155 %ammonium sulfate1reservoir
20.1 Mphosphate1reservoirpH4.9

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→96.66 Å / Num. all: 14537 / Num. obs: 23667 / % possible obs: 61.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.62 % / Biso Wilson estimate: 12.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 38.6 / Net I/σ(I): 10.12
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 1.69 % / Rmerge(I) obs: 0.231 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1267 / % possible all: 59.6
反射
*PLUS
最低解像度: 58.5 Å / Num. obs: 14537 / Num. measured all: 23667 / Rmerge(I) obs: 0.0982
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 3.2 Å / % possible obs: 59 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
CNS1精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: TETRAMER GENERATED FROM PDB ENTRY 2ROX WITH ONLY PROTEIN ATOMS FROM RESIDUES 10-125 INCLUDED

2rox


解像度: 3→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 184941.17 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: THIS COORDINATE SET COMPRISES TWO DEFFERENT HUMAN TTR TETRAMERS AN APO ONE (CHAINS E-H) AND A T4-BOUND ONE (CHAINS A-D). THERE ARE NO WATER MOLECULES INCLUDED IN THE MODEL. RESIDUES 1-9 AND ...詳細: THIS COORDINATE SET COMPRISES TWO DEFFERENT HUMAN TTR TETRAMERS AN APO ONE (CHAINS E-H) AND A T4-BOUND ONE (CHAINS A-D). THERE ARE NO WATER MOLECULES INCLUDED IN THE MODEL. RESIDUES 1-9 AND 126-127 OF ALL A-H CHAINS ARE ILL-DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY MAPS AND HAVE BEEN OMITTED. GROUPED B FACTOR HAVE BEEN REFINED (FOR MAIN AND SIDRCHAIN ATOMS) B RMSD FOR BONDED MAINCHAIN ATOMS = 8.628 B RMSD FOR BONDED SIDECHAIN ATOMS = 11.213 B RMSD FOR ANGLE MAINCHAIN ATOMS = 13.280 B RMSD FOR ANGLE SIDECHAIN ATOMS == 16.102 NCS RESTRAINTS. DETAILS INFORMATIONS: MAIN CHAIN ATOMS SELECTED EFFECTIVE FORCE CONSTANT FOR NCS POSITIONAL RESTRAINTS = 10.00 Kcal/mol-A**2 TARGET DEVIATION OF NCS RELATED B FACTORS FROM AVERAGE = 2.500 A**2 SIDE CHAIN ATOMS SELECTED EFFECTIVE FORCE CONSTANT FOR NCS POSITIONAL RESTRAINTS = 5.00 Kcal/mol-A**2 TARGET DEVIATION OF NCS RELATED B FACTORS FROM AVERAGE = 2.00 A**2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 899 6.3 %SHELLS
Rwork0.229 ---
obs0.229 14405 63.1 %-
all-22820 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.253 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.74 Å0.61 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7168 0 48 0 7216
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.14
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTRAINED / Rms dev position: 0.48 Å / Weight position: 10
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
3-3.160.44841355.80.3737350.077194659.1
3.16-3.350.3181930.28272031
3.35-3.610.34271320.25132101
3.61-3.960.25551350.21382100
3.96-4.520.22691350.16932031
4.52-5.650.25551340.17912092
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2LIG.PARAMLIG.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 15 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.14
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.4484 / Rfactor Rwork: 0.373

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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