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- PDB-1ic2: DECIPHERING THE DESIGN OF THE TROPOMYOSIN MOLECULE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ic2
タイトルDECIPHERING THE DESIGN OF THE TROPOMYOSIN MOLECULE
要素TROPOMYOSIN ALPHA CHAIN, SKELETAL MUSCLE
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / alpha-helical coiled coil / alanine / symmetry / axial stagger / bend
機能・相同性
機能・相同性情報


Smooth Muscle Contraction / Striated Muscle Contraction / cytoskeletal protein binding / cardiac muscle contraction / actin filament organization / actin filament / actin filament binding / actin cytoskeleton / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity ...Smooth Muscle Contraction / Striated Muscle Contraction / cytoskeletal protein binding / cardiac muscle contraction / actin filament organization / actin filament / actin filament binding / actin cytoskeleton / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #340 / Tropomyosins signature. / Tropomyosin / Tropomyosin / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Tropomyosin alpha-1 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Brown, J.H. / Kim, K.-H. / Jun, G. / Greenfield, N.J. / Dominguez, R. / Volkmann, N. / Hitchcock-DeGregori, S.E. / Cohen, C.
引用
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1969
タイトル: Tropomyosin: Crystal Structure, Polymorphism and Molecular Interactions
著者: Caspar, D.L. / Cohen, C. / Longley, W.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986
タイトル: Tropomyosin Crystal Structure and Muscle Regulation
著者: Phillips Jr., G.N. / Fillers, J.P. / Cohen, C.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: The Structure of the N-terminus of Striated Muscle alpha-Tropomyosin in a Chimeric Peptide: Nuclear Magnetic Resonance Structure and Circular Dichroism Studies
著者: Greenfield, N.J. / Montelione, G.T. / Farid, R.S. / Hitchcock-DeGregori, S.E.
#4: ジャーナル: Proteins / 年: 2000
タイトル: Crystal Structure of Tropomyosin at 7 Angstroms Resolution
著者: Whitby, F.G. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2001年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TROPOMYOSIN ALPHA CHAIN, SKELETAL MUSCLE
B: TROPOMYOSIN ALPHA CHAIN, SKELETAL MUSCLE
C: TROPOMYOSIN ALPHA CHAIN, SKELETAL MUSCLE
D: TROPOMYOSIN ALPHA CHAIN, SKELETAL MUSCLE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0944
ポリマ－37,0944
非ポリマー00
水3,207178
1
A: TROPOMYOSIN ALPHA CHAIN, SKELETAL MUSCLE
B: TROPOMYOSIN ALPHA CHAIN, SKELETAL MUSCLE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5472
ポリマ－18,5472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area11520 Å2
手法PISA
2
C: TROPOMYOSIN ALPHA CHAIN, SKELETAL MUSCLE
D: TROPOMYOSIN ALPHA CHAIN, SKELETAL MUSCLE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5472
ポリマ－18,5472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area11690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.400, 45.500, 56.300
Angle α, β, γ (deg.)93.70, 98.10, 104.40
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
TROPOMYOSIN ALPHA CHAIN, SKELETAL MUSCLE


分子量: 9273.543 Da / 分子数: 4 / 変異: A81S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / プラスミド: PET11D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)PLYS / 参照: UniProt: P04268
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.6
詳細: PEG 200, isopropanol, magnesium chloride, ammonium acetate, TRIS, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 56 %
結晶化
*PLUS
詳細: used macroseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
117 %PEG2001reservoir
210 %isopropanol1reservoir
316 mM1reservoirMgCl2
470 mMammonium acetate1reservoir
5Tris1reservoir
61

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンCHESS A110.908
シンクロトロンNSLS X12C21.15
シンクロトロンNSLS X12C30.92
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 41CCD
MARRESEARCH2IMAGE PLATE
MARRESEARCH3IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9081
21.151
30.921
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 26797 / Num. obs: 26797 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 31.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Mean I/σ(I) obs: 10 / % possible all: 99.5
反射
*PLUS

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→50 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2835 1326 5 %Random
Rwork0.2488 ---
all-26793 --
obs-26793 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.8603 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.688 Å20.656 Å2-0.959 Å2
2--9.71 Å27.436 Å2
3----3.022 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2492 0 0 178 2670
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.87827
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00658
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2-2.070.33221310.2741X-RAY DIFFRACTION2547
2.52-2.710.29611450.2582X-RAY DIFFRACTION2543
2.71-2.990.34791270.2894X-RAY DIFFRACTION2572
2.99-3.420.30141240.2628X-RAY DIFFRACTION2543
3.42-4.310.25851330.2234X-RAY DIFFRACTION2539
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.249
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d13.17
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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