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- PDB-1ibe: DEOXY-HAEMOGLOBIN TRAPPED IN THE HIGH-AFFINITY (R) STATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ibe
タイトルDEOXY-HAEMOGLOBIN TRAPPED IN THE HIGH-AFFINITY (R) STATE
要素(HEMOGLOBIN (DEOXY)) x 2
キーワードOXYGEN TRANSPORT / HEME / RESPIRATORY PROTEIN / ERYTHROCYTE
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit alpha / Hemoglobin subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wilson, J. / Phillips, K. / Luisi, B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: The crystal structure of horse deoxyhaemoglobin trapped in the high-affinity (R) state.
著者: Wilson, J. / Phillips, K. / Luisi, B.
履歴
登録1996年9月25日処理サイト: BNL
改定 1.01996年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月21日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status
Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOGLOBIN (DEOXY)
B: HEMOGLOBIN (DEOXY)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3884
ポリマ－31,1552
非ポリマー1,2332
水3,369187
1
A: HEMOGLOBIN (DEOXY)
B: HEMOGLOBIN (DEOXY)
ヘテロ分子

A: HEMOGLOBIN (DEOXY)
B: HEMOGLOBIN (DEOXY)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7758
ポリマ－62,3094
非ポリマー2,4664
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)108.180, 63.180, 54.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 HEMOGLOBIN (DEOXY)


分子量: 15122.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P01958
#2: タンパク質 HEMOGLOBIN (DEOXY)


分子量: 16032.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P02062
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.4 / 手法: batch method / 詳細: Perutz, M.F., (1968) J. Crystal Growth, 2, 54.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
13.4 Mphosphate11
2potassium phosphate110.45vol
3sodium phosphate110.55vol
4110.18volH2O

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 32227 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.059
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. measured all: 144335

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解析

ソフトウェア
名称分類
PROLSQ精密化
UCSDデータ削減
UCSDデータスケーリング
精密化最高解像度: 1.8 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数
Rfree0.23 -
Rwork0.1786 -
obs-144335
原子変位パラメータBiso mean: 29.96 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2297 0 0 188 2485
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0240.025
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0440.035
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0510.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it3.3374
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it4.5326
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it6.7458
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it9.00610
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0180.025
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.130.12
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.190.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.290.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.190.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.063
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor20.4420
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor30.6430
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.1786 / Rfactor Rfree: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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