ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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SCALEPACK | | データスケーリング | AMoRE | | 位相決定 | X-PLOR | | モデル構築 | CNS | 1 | 精密化 | X-PLOR | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1mlc 解像度: 2.1→27.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 3972329.88 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2583 | 7190 | 9.9 % | RANDOM |
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Rwork | 0.2203 | - | - | - |
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all | 0.229 | 72520 | - | - |
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obs | 0.2203 | 72520 | 98.8 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.21 Å2 / ksol: 0.383 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 38.5 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 3.79 Å2 | 1.06 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 3.79 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -7.57 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.33 Å | 0.28 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.27 Å | 0.24 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→27.66 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 6414 | 121 | 5 | 339 | 6879 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.011155 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.62386 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d27.37438 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.99896 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.33 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.05 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.09 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it2.93 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.3023 | 1082 | 9.3 % |
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Rwork | 0.2725 | 10614 | - |
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obs | - | - | 97.1 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | DNA-RNA_REP.PARAM | DNA-RNA.TOP | X-RAY DIFFRACTION | 3 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 4 | ION.PARAMION.TOP | | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.219 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 38.5 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg27.37438 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.99896 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.33 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.09 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.05 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it2.93 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.304 / % reflection Rfree: 9.3 % / Rfactor obs: 0.274 |
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