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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i8d | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF RIBOFLAVIN SYNTHASE | ||||||
要素 | RIBOFLAVIN SYNTHASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / riboflavin synthase / riboflavin biosynthesis / antimicrobial target / structure-based design / Escherichia coli | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 riboflavin synthase / riboflavin synthase activity / riboflavin biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Liao, D.-I. / Wawrzak, Z. / Calabrese, J.C. / Viitanen, P.V. / Jordan, D.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of riboflavin synthase. 著者: Liao, D.I. / Wawrzak, Z. / Calabrese, J.C. / Viitanen, P.V. / Jordan, D.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1i8d.cif.gz | 127.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1i8d.ent.gz | 100.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1i8d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1i8d_validation.pdf.gz | 388.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1i8d_full_validation.pdf.gz | 417.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1i8d_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1i8d_validation.cif.gz | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/1i8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/1i8d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a homo trimer. The three molecules in the asymmetric unit represent the biological assembly. The trimer is asymmetrical. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23472.885 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: BACTERIA / プラスミド: PET-24A(+) (NOVAGEN) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P29015, UniProt: P0AFU8*PLUS, riboflavin synthase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.94 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: bis-tris propane, MgCl2, diglyme, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1.1271 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1271 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→25 Å / Num. all: 48686 / Num. obs: 437196 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 33.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.04 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.215 / % possible all: 96.7 |
反射 | *PLUS Num. obs: 48686 / Num. measured all: 437196 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→25 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: TNT library
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | |||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 25 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.239 | |||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_angle_deg / Dev ideal: 1.99 |