PDB-5z6p: The crystal structure of an agarase, AgWH50C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z6p

タイトル

The crystal structure of an agarase, AgWH50C

要素

B-agarase

キーワード

HYDROLASE / Glucoside hydrolase 50 family / agarase activity

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-galactosidase complex / beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Agarivorans gilvus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.061 Å

データ登録者

Mao, X. / Zhou, J. / Zhang, P. / Zhang, L. / Zhang, J. / Li, Y.

引用

ジャーナル: Appl. Microbiol. Biotechnol. / 年: 2019
タイトル: Structure-based design of agarase AgWH50C from Agarivorans gilvus WH0801 to enhance thermostability.
著者: Zhang, P. / Zhang, J. / Zhang, L. / Sun, J. / Li, Y. / Wu, L. / Zhou, J. / Xue, C. / Mao, X.

履歴

登録	2018年1月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年1月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5z6p.cif.gz	302.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z6p.ent.gz	239.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z6p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5z6p_validation.pdf.gz	447.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5z6p_full_validation.pdf.gz	460.4 KB	表示
XML形式データ	5z6p_validation.xml.gz	56.2 KB	表示
CIF形式データ	5z6p_validation.cif.gz	83.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/5z6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/5z6p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bq2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4bq3-2 4bq4-1 4bq5-1 4bq2-1 2wyd-d 4bq3-3 6rgy-d 4bq2-4 4bq3-1 3eh1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: B-agarase

B: B-agarase

174 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: B-agarase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
86.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: B-agarase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	215.801, 93.647, 85.049
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.66, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	B-agarase 分子量: 86824.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Agarivorans gilvus (バクテリア) / 株: WH0801 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A023LLI1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 975 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	AUTHOR STATED RESIDUE 307 GLY IN DATABASE A0A023LLI1 WAS WRONG. RESIDUE 307 SHOULD BE ASP.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.16 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M Na iodide, 0.1M Bis Tris propane, pH 7.5, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 98307 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.101 / R_sym value: 0.101 / Net I/σ(I): 23.2
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.594 / Num. unique obs: 4283 / R_sym value: 0.594 / % possible all: 87.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.3_1479	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX	1.10.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BQ2

4bq2

解像度: 2.061→46.824 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.68

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2448	4570	4.93 %
R_work	0.1951	-	-
obs	0.1976	92718	92.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.061→46.824 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10802	0	0	975	11777

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	11109
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.116	15055
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.442	3969
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1540
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1972

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0611-2.0845	0.3401	89	0.2316	1614	X-RAY DIFFRACTION	51
2.0845-2.109	0.2933	93	0.2166	2235	X-RAY DIFFRACTION	70
2.109-2.1347	0.3451	107	0.2139	2312	X-RAY DIFFRACTION	73
2.1347-2.1617	0.2697	146	0.2112	2363	X-RAY DIFFRACTION	76
2.1617-2.1902	0.2471	152	0.209	2472	X-RAY DIFFRACTION	78
2.1902-2.2202	0.2644	136	0.2195	2631	X-RAY DIFFRACTION	82
2.2202-2.2519	0.2663	134	0.2225	2652	X-RAY DIFFRACTION	85
2.2519-2.2855	0.2998	143	0.2284	2787	X-RAY DIFFRACTION	87
2.2855-2.3212	0.283	140	0.2205	2874	X-RAY DIFFRACTION	90
2.3212-2.3593	0.3085	149	0.225	2984	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3593-2.4	0.2857	160	0.2182	3020	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4-2.4436	0.2617	166	0.2238	3066	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4436-2.4906	0.2955	174	0.231	3092	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4906-2.5414	0.2808	169	0.2274	3109	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5414-2.5967	0.31	169	0.2134	3170	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5967-2.6571	0.334	175	0.2267	3165	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6571-2.7235	0.2843	156	0.2103	3172	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7235-2.7972	0.2523	170	0.2062	3163	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7972-2.8795	0.2642	177	0.2142	3204	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8795-2.9724	0.2718	153	0.2075	3150	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9724-3.0786	0.2433	158	0.2057	3209	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0786-3.2018	0.2496	184	0.1985	3132	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2018-3.3475	0.2522	166	0.1914	3176	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3475-3.524	0.2135	152	0.1836	3191	X-RAY DIFFRACTION	100
3.524-3.7447	0.2015	151	0.18	3207	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7447-4.0336	0.1968	154	0.166	3209	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0336-4.4393	0.1984	163	0.154	3182	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4393-5.081	0.2047	184	0.1554	3164	X-RAY DIFFRACTION	99
5.081-6.3989	0.2062	140	0.1951	3225	X-RAY DIFFRACTION	99
6.3989-46.8356	0.2416	160	0.1994	3218	X-RAY DIFFRACTION	97

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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