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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hys | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IN COMPLEX WITH A POLYPURINE TRACT RNA:DNA | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/DNA-RNA HYBRID / polypurine tract / PPT / protein-nucleic acid complex / RNase H / RNA:DNA / unpaired base / RNase H primer grip / TRANSFERASE-DNA-RNA COMPLEX / TRANSFERASE-DNA-RNA HYBRID complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sarafianos, S.G. / Das, K. / Tantillo, C. / Clark Jr., A.D. / Ding, J. / Whitcomb, J. / Boyer, P.L. / Hughes, S.H. / Arnold, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase in complex with a polypurine tract RNA:DNA. 著者: Sarafianos, S.G. / Das, K. / Tantillo, C. / Clark Jr., A.D. / Ding, J. / Whitcomb, J.M. / Boyer, P.L. / Hughes, S.H. / Arnold, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 316.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 247.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 490.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 610.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 65.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 89.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2hmiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-HIV-1 REVERSE ... , 2種, 2分子 AB
#3: タンパク質 | 分子量: 63746.984 Da / 分子数: 1 / Fragment: P66 / Mutation: C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 遺伝子: POL / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#4: タンパク質 | 分子量: 49561.977 Da / 分子数: 1 / Fragment: P51 / Mutation: C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 遺伝子: POL / 発現宿主: ![]() ![]() |
-抗体 , 2種, 2分子 CD
#5: 抗体 | 分子量: 22926.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#6: 抗体 | 分子量: 23457.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-RNA鎖 / DNA鎖 , 2種, 2分子 EF
#1: RNA鎖 | 分子量: 7340.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 6747.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.49 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: ammonium sulfate, cacodylate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 115 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年3月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0909 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→20 Å / Num. obs: 56482 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.13 Å / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 65 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 65 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2HMI 解像度: 3→8 Å / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
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拘束条件 |
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