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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hta | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE HISTONE HMFA FROM METHANOTHERMUS FERVIDUS | ||||||
要素 | HISTONE HMFA | ||||||
キーワード | HISTONE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA topological change / chromosome / double-stranded DNA binding / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanothermus fervidus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Decanniere, K. / Sandman, K. / Reeve, J.N. / Heinemann, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Crystal structures of recombinant histones HMfA and HMfB from the hyperthermophilic archaeon Methanothermus fervidus. 著者: Decanniere, K. / Babu, A.M. / Sandman, K. / Reeve, J.N. / Heinemann, U. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 1996 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Characterization of the Methanothermus Fervidus Histones Hmfa and Hmfb 著者: Decanniere, K. / Sandman, K. / Reeve, J.N. / Heinemann, U. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: NMR Structure of Hmfb from the Hyperthermophile, Methanothermus Fervidus, Confirms that This Archaeal Protein is a Histone 著者: Starich, M.R. / Sandman, K. / Reeve, J.N. / Summers, M.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hta.cif.gz | 25.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hta.ent.gz | 16.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hta.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1hta_validation.pdf.gz | 366.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1hta_full_validation.pdf.gz | 366.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1hta_validation.xml.gz | 3.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1hta_validation.cif.gz | 4.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/1hta ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/1hta | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7513.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanothermus fervidus (古細菌) / 遺伝子: HMFA / プラスミド: PKS354 / 遺伝子 (発現宿主): HMFB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: P48781 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: ORTHOROMBIC HMFA STRUCTURE WILL BE SUBMITTED SOON |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.937 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年9月1日 / 詳細: SEGMENTED MIRROR |
放射 | モノクロメーター: BENT SINGLE-CRYSTAL GERMANIUM TRIANGULAR MONOCHROMATOR 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.937 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→37.3 Å / Num. obs: 10817 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 22.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 4.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.6 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.247 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.247 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PARTIALLY REFINED ORTHORHOMBIC HMFA 解像度: 1.55→18 Å / 交差検証法: AFTER RIGID BODY REFINEMENT / σ(F): 0 詳細: RIGID BODY WITH AMORE, SIMULATED ANNEALING WITH X-PLOR, REFINEMENT WITH REFMAC. ESD FROM LUZZATI PLOT (A) : 0.2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.34 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→18 Å
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拘束条件 |
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