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- PDB-1hq4: STRUCTURE OF NATIVE CATALYTIC ANTIBODY HA5-19A4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hq4
タイトルSTRUCTURE OF NATIVE CATALYTIC ANTIBODY HA5-19A4
要素
  • ANTIBODY HA5-19A4 FAB HEAVY CHAIN
  • ANTIBODY HA5-19A4 FAB LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / CATALYTIC ANTIBODY / TERPENOID SYNTHASE / CARBOCATION / CYCLIZATION CASCADE / IMMUNOGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity ...Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / complement activation, classical pathway / antigen binding / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of immune response / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / LOC100046793 protein / Immunoglobulin heavy constant gamma 2B / :
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Paschall, C.M. / Hasserodt, J. / Lerner, R.A. / Janda, K.D. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: Thesis / 年: 2000
タイトル: Polyene Cyclization Reactions
著者: Paschall, C.M.
履歴
登録2000年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTIBODY HA5-19A4 FAB LIGHT CHAIN
B: ANTIBODY HA5-19A4 FAB HEAVY CHAIN
C: ANTIBODY HA5-19A4 FAB LIGHT CHAIN
D: ANTIBODY HA5-19A4 FAB HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0796
ポリマ－93,8544
非ポリマー2252
水88349
1
A: ANTIBODY HA5-19A4 FAB LIGHT CHAIN
B: ANTIBODY HA5-19A4 FAB HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0393
ポリマ－46,9272
非ポリマー1121
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3600 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19210 Å2
手法PISA
2
C: ANTIBODY HA5-19A4 FAB LIGHT CHAIN
D: ANTIBODY HA5-19A4 FAB HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0393
ポリマ－46,9272
非ポリマー1121
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.900, 88.700, 72.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.10, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 ANTIBODY HA5-19A4 FAB LIGHT CHAIN


分子量: 23484.854 Da / 分子数: 2 / 断片: VARIABLE REGIONS OF FAB LIGHT AND HEAVY CHAINS / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: 129G1X+(MOUSE)-P3X63AG8.653 (MYELOMA) / 株: 129G1X+-BOY / 参照: UniProt: Q91W12, UniProt: A0A5E3*PLUS
#2: 抗体 ANTIBODY HA5-19A4 FAB HEAVY CHAIN


分子量: 23442.086 Da / 分子数: 2 / 断片: VARIABLE REGIONS OF FAB LIGHT AND HEAVY CHAINS / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: 129G1X+(MOUSE)-P3X63AG8.653 (MYELOMA) / 株: 129G1X+-BOY / 参照: UniProt: P01867
#3: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: PEG 6000, cadmium chloride, hepes, ph 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: unknown

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年7月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 25376 / Num. obs: 25376 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 32.001 Å2 / Rsym value: 0.137 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 1.105 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 2326 / Rsym value: 0.141 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CF8

1cf8


解像度: 2.7→20 Å / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used maximum likelihood least squares algorithm
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2652 2362 -random
Rwork0.225 ---
all0.225 25544 --
obs0.225 23651 92.6 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.048 Å20 Å2-1.774 Å2
2--4.096 Å20 Å2
3----2.048 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6568 0 2 49 6619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.43
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.856
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.72 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 39 -
Rwork0.344 --
obs-376 82 %
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg27.24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.856

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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