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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hoz | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF AN INOSINE-ADENOSINE-GUANOSINE-PREFERRING NUCLEOSIDE HYDROLASE FROM TRYPANOSOMA VIVAX | ||||||
![]() | INOSINE-ADENOSINE-GUANOSINE-PREFERRING NUCLEOSIDE HYDROLASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / Rossmann-fold-like motif | ||||||
機能・相同性 | ![]() purine nucleosidase activity / purine nucleoside catabolic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Versees, W. / Decanniere, K. / Pelle, R. / Depoorter, J. / Parkin, D.W. / Steyaert, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and function of a novel purine specific nucleoside hydrolase from Trypanosoma vivax. 著者: Versees, W. / Decanniere, K. / Pelle, R. / Depoorter, J. / Brosens, E. / Parkin, D.W. / Steyaert, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 146.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 114.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 445.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37718.984 Da / 分子数: 2 / 断片: IAG-NUCLEOSIDE HYDROLASE, IAG-NH / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PQE-30 (QIAGEN) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.31 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM tris, 1.6 M ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年11月10日 |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8445 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 631096 / Num. obs: 629834 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 629834 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.5 % / Rmerge(I) obs: 0.385 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.1861 / Rfactor Rfree: 0.2096 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.184 / Rfactor Rwork: 0.169 |