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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hos | ||||||
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タイトル | INHIBITION OF HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS-1 PROTEASE BY A C2-SYMMETRIC PHOSPHINATE SYNTHESIS AND CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS | ||||||
![]() | HIV-1 PROTEASE | ||||||
![]() | HYDROLASE(ACID PROTEINASE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Abdel-Meguid, S. / Zhao, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Inhibition of human immunodeficiency virus-1 protease by a C2-symmetric phosphinate. Synthesis and crystallographic analysis. 著者: Abdel-Meguid, S.S. / Zhao, B. / Murthy, K.H. / Winborne, E. / Choi, J.K. / DesJarlais, R.L. / Minnich, M.D. / Culp, J.S. / Debouck, C. / Tomaszek Jr., T.A. / Meek, T.D. / Dreyer, G.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 53.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 38.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 569.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 582.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.508, -0.862, -0.004), ベクター: 詳細 | THE TRANSFORMATION PRESENTED ON THE *MTRIX* RECORDS BELOW YIELDS APPROXIMATE COORDINATES OF CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*. | |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10803.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PHP / ( | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THERE ARE TWO ORIENTATIO | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.69 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 8213 / % possible obs: 97 % / Num. measured all: 41859 / Rmerge(I) obs: 0.073 |
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解析
ソフトウェア | 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.3→6 Å / Rfactor Rwork: 0.186 / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 7014 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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