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- PDB-1hjb: CRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN AND C/EBPBE... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 1hjb
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN AND C/EBPBETA BZIP HOMODIMER BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE CSF-1R PROMOTER
要素
  • CCAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA
  • DNA (5'-(*CP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*CP* AP*GP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*CP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-(*GP*AP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*CP*CP* AP*AP*AP*CP*TP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*CP*G)-3')
  • RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION FACTOR / BZIP / RUNX / RUNT / C/EBP / CBF / CORE BINDING FACTOR / AML1 / AML / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


granuloma formation / regulation of odontoblast differentiation / regulation of hair follicle cell proliferation / positive regulation of sodium-dependent phosphate transport / Organic cation transport / CHOP-C/EBP complex / C/EBP complex / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling ...granuloma formation / regulation of odontoblast differentiation / regulation of hair follicle cell proliferation / positive regulation of sodium-dependent phosphate transport / Organic cation transport / CHOP-C/EBP complex / C/EBP complex / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / positive regulation of granulocyte differentiation / positive regulation of biomineral tissue development / myeloid cell development / integrated stress response signaling / T-helper 1 cell activation / core-binding factor complex / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of cell maturation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / hepatocyte proliferation / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / neuron fate commitment / regulation of osteoclast differentiation / Estrogen-dependent gene expression / mammary gland epithelial cell differentiation / condensed chromosome, centromeric region / myeloid progenitor cell differentiation / regulation of dendritic cell differentiation / definitive hemopoiesis / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / embryonic hemopoiesis / mammary gland epithelial cell proliferation / hair follicle morphogenesis / histone acetyltransferase binding / positive regulation of interleukin-4 production / behavioral response to pain / hemopoiesis / regulation of cell differentiation / ubiquitin-like protein ligase binding / basement membrane / Transcriptional Regulation by VENTX / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of fat cell differentiation / regulation of signal transduction / embryonic placenta development / neuron development / positive regulation of osteoblast differentiation / response to retinoic acid / brown fat cell differentiation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / ovarian follicle development / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / response to endoplasmic reticulum stress / liver development / central nervous system development / liver regeneration / acute-phase response / skeletal system development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular response to amino acid stimulus / chromatin DNA binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / kinase binding / histone deacetylase binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear matrix / positive regulation of type II interferon production / Transcriptional regulation of granulopoiesis / positive regulation of inflammatory response / neuron differentiation / positive regulation of angiogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / gene expression / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of neuron apoptotic process / response to lipopolysaccharide / in utero embryonic development / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / defense response to bacterium / immune response / inflammatory response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding
類似検索 - 分子機能
CCAAT/enhancer-binding protein, chordates / : / Runx, central domain superfamily / Acute myeloid leukemia 1 protein (AML1)/Runt / Runt domain / Runx, C-terminal domain / Runt-related transcription factor RUNX / Runt domain / Runx inhibition domain / Runt domain profile. ...CCAAT/enhancer-binding protein, chordates / : / Runx, central domain superfamily / Acute myeloid leukemia 1 protein (AML1)/Runt / Runt domain / Runx, C-terminal domain / Runt-related transcription factor RUNX / Runt domain / Runx inhibition domain / Runt domain profile. / Immunoglobulin-like - #720 / Basic region leucine zipper / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / CCAAT/enhancer-binding protein beta / Runt-related transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Tahirov, T.H. / Ogata, K.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001
タイトル: Structural Analyses of DNA Recognition by the Aml1/Runx-1 Runt Domain and its Allosteric Control by Cbfbeta
著者: Tahirov, T.H. / Inoue-Bungo, T. / Morii, H. / Fujikawa, A. / Sasaki, M. / Kimura, K. / Shiina, M. / Sato, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Ishii, S. / Ogata, K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analyses of Quaternary, Ternary and Binary Protein-DNA Complexes with Involvement of Aml1/Runx-1/Cbfalpha Runt Domain, Cbfbeta and the C/Ebpbeta bZIP Region
著者: Tahirov, T.H. / Inoue-Bungo, T. / Sasaki, M. / Shiina, M. / Kimura, K. / Sato, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Kamiya, N. / Ogata, K.
履歴
登録2001年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp ..._exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA
B: CCAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA
C: RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1
D: CCAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA
E: CCAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA
F: RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1
G: DNA (5'-(*GP*AP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*CP*CP* AP*AP*AP*CP*TP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*CP*G)-3')
H: DNA (5'-(*CP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*CP* AP*GP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*CP*TP*T)-3')
I: DNA (5'-(*GP*AP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*CP*CP* AP*AP*AP*CP*TP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*CP*G)-3')
J: DNA (5'-(*CP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*CP* AP*GP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*CP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,37610
ポリマ－100,37610
非ポリマー00
水00
1
A: CCAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA
B: CCAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA
C: RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1
G: DNA (5'-(*GP*AP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*CP*CP* AP*AP*AP*CP*TP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*CP*G)-3')
H: DNA (5'-(*CP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*CP* AP*GP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*CP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1885
ポリマ－50,1885
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
D: CCAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA
E: CCAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA
F: RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1
I: DNA (5'-(*GP*AP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*CP*CP* AP*AP*AP*CP*TP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*CP*G)-3')
J: DNA (5'-(*CP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*CP* AP*GP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*CP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1885
ポリマ－50,1885
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.165, 109.273, 127.405
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
CCAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA / C/EBP BETA / NFIL-6


分子量: 10248.872 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 259-345 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PAR2156 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P17676
#2: タンパク質 RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1 / CORE BINDING FACTOR ALPHA / RUNX-1 / AML1 / PEBP2ALPHAB / CBFA2


分子量: 13715.696 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 60-182 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PAR2156 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q03347
#3: DNA鎖 DNA (5'-(*GP*AP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*CP*CP* AP*AP*AP*CP*TP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*CP*G)-3')


分子量: 8018.176 Da / 分子数: 2 / 断片: FRAGMENT FROM CSF-1R PROMOTER / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
#4: DNA鎖 DNA (5'-(*CP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*CP* AP*GP*AP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*CP*TP*T)-3')


分子量: 7956.156 Da / 分子数: 2 / 断片: FRAGMENT FROM CSF-1R PROMOTER / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
構成要素の詳細C/EBP BETA IS IMPORTANT TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR IN THE REGULATION OF GENES INVOLVED IN IMMUNE AND ...C/EBP BETA IS IMPORTANT TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR IN THE REGULATION OF GENES INVOLVED IN IMMUNE AND INFLAMMATORY RESPONSES. SPECIFICALL THE CORE BINDING FACTOR ALPHA SUBUNIT BINDS DNA AND APPEARS TO HAVE A ROLE IN THE DEVELOPMENT OF NORMAL HEMATOPOIESIS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.4 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 5 MM MGSO4, 3% W/V PEG 4000, 1% V/V DIOXANE, 50 MM MES BUFFER, PH 5.6 AT 24 DEGREES C
結晶化
*PLUS
温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tahirov, T.H., (2001) Acta Crystallogr., D57, 850.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein-DNA solution1drop
20.1 M1reservoirKCl
30.01 M1reservoirMgCl2
410 %(v/v)PEG4001reservoir
50.05 MMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.7085
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7085 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 26407 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.456 % / Biso Wilson estimate: 46 Å2 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 1.91 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Rsym value: 0.302 / % possible all: 71.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 117670 / Rmerge(I) obs: 0.006

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS0.9位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IO4

1io4


解像度: 3→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 173187.84 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED, BSOL IS DETERMINED MANUALLY AND FIXED. ATOMS C, O, N, AND CA ARE HARMONICALLY RESTRAINED DURING REFINEMENT WITH HARMONIC RESTRAINT CONSTANT OF 20
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.313 1264 4.8 %RANDOM
Rwork0.244 ---
obs0.244 26157 89.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 19 Å2 / ksol: 0.197986 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 72.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-23.49 Å20 Å20 Å2
2---38.31 Å20 Å2
3---14.82 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.6 Å0.44 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.63 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4150 2120 0 0 6270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it21.581.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it26.382
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it32.322
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it35.122.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.425 170 5.1 %
Rwork0.36 3154 -
obs--69.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.13
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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