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万見
- PDB-6s7l: Arbitrium receptor from a Bacillus subtilis Katmira33 phage -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s7l
タイトルArbitrium receptor from a Bacillus subtilis Katmira33 phage
要素
  • Arbitrium receptor
  • GLY-ILE-VAL-ARG-GLY-ALA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Arbitrium
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Marina, A. / Gallego del Sol, F.
資金援助 スペイン, 英国, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBIO2016-78571-P スペイン
Medical Research Council (United Kingdom)MR/M003876/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Insights into the mechanism of action of the arbitrium communication system in SPbeta phages.
著者: Gallego Del Sol, F. / Quiles-Puchalt, N. / Brady, A. / Penades, J.R. / Marina, A.
履歴
登録2019年7月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月6日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / refine
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arbitrium receptor
C: GLY-ILE-VAL-ARG-GLY-ALA
B: Arbitrium receptor
D: GLY-ILE-VAL-ARG-GLY-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9956
ポリマ－91,8114
非ポリマー1842
水19811
1
A: Arbitrium receptor
C: GLY-ILE-VAL-ARG-GLY-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9983
ポリマ－45,9062
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area18720 Å2
手法PISA
2
B: Arbitrium receptor
D: GLY-ILE-VAL-ARG-GLY-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9983
ポリマ－45,9062
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area18510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.703, 209.765, 140.254
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Arbitrium receptor


分子量: 45332.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド GLY-ILE-VAL-ARG-GLY-ALA


分子量: 572.679 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus subtilis (枯草菌)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.7 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2-6 0.2 M Potassium acetate 0.1 M MES 6.0 15 % v/v Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH) 3 % v/v Jeffamine T-403

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→104.88 Å / Num. obs: 32018 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.7 % / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / Num. unique obs: 4606

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6S7I

6s7i


解像度: 2.6→104.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.675 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2474 1618 5.1 %RANDOM
Rwork0.2138 30374 --
obs0.2155 31992 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 148.02 Å2 / Biso mean: 66.5337 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20 Å2-0 Å2
2--4.2 Å20 Å2
3----4.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→104.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6434 0 12 11 6457
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0196560
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.026108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7631.9668804
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.819314240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4145780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.58825.449334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.78151278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.9381526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.416.3223132
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3926.3193131
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4639.4733908
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 121 -
Rwork0.382 2201 -
all-2322 -
obs--99.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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