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- PDB-1hh7: REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF CYTOCHROME C2 FROM RHODOPSEUDOMONAS ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hh7
タイトルREFINED CRYSTAL STRUCTURE OF CYTOCHROME C2 FROM RHODOPSEUDOMONAS PALUSTRIS AT 1.4 ANGSTROM RESOLUTION
要素CYTOCHROME C2
キーワードELECTRON TRANSPORT / ELECTRON CARRIER / HEME PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / AMMONIA / Cytochrome c2
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOPSEUDOMONAS PALUSTRIS (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Garau, G. / Geremia, S.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Two Ph-Dependent Forms of Cytochrome C2 from Rhodopseudomonas Palustris
著者: Garau, G. / Geremia, S. / Randaccio, L. / Vaccari, L. / Viezzoli, M.S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Refined Crystal Structure of Ferrocytochrome C2 from Rhodopseudomonas Viridis at 1.6 A Resolution
著者: Sogabe, S. / Miki, K.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1979
タイトル: Cytochrome C2 Sequence Variation Among the Recognised Species of Purple Nonsulphur Photosynthetic Bacteria
著者: Ambler, R.P. / Daniel, M. / Hermoso, J. / Meyer, T.E. / Bartsch, R.G. / Kamen, M.D.
履歴
登録2000年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status ...pdbx_database_proc / pdbx_database_status / refine / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年3月11日Group: Advisory / Polymer sequence / カテゴリ: database_PDB_caveat / entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0155
ポリマ－12,1871
非ポリマー8284
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)64.670, 64.670, 68.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2041-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C2


分子量: 12186.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) RHODOPSEUDOMONAS PALUSTRIS (光合成細菌)
株: 42 OL / 参照: UniProt: P00091
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NH3 / AMMONIA / アンモニア


分子量: 17.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細PCA 1: GLN 1 HAS BEEN CYCLIZED TO PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.3 %
結晶化pH: 9 / 詳細: 60% AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M TRIS PH 9.0
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.67 mMprotein1drop9.0mg/ml
2200 mMphosphate1drop
361 %satammonium sulfate1reservoir
40.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月23日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→56 Å / Num. obs: 31246 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 1.4→1.47 Å / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 56 Å / Observed criterion σ(I): 0 / Num. measured all: 394132
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2C2C

2c2c


解像度: 1.4→56 Å / Num. parameters: 4681 / Num. restraintsaints: 3727 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT FOR IRON AND ALL SULFUR ATOMS CHEMICALLY EQUIVALENT BONDS AND ANGLE DISTANCES IN HEME RESTRAINED TO BE EQUAL WITHOUT TARGET VALUES. NO GEOMETRIC OR ADP RESTRAINTS APPLIED TO IRON ATOM.
Rfactor反射数%反射Selection details
obs0.1508 -99.8 %-
Rfree-1669 5 %RANDOM
all-31246 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 1
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数855 0 54 249 1158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.069
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.068
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELX / バージョン: VERSION 97-1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr0.034
X-RAY DIFFRACTIONx_chiral_restr0.069

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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