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万見
- PDB-1h2n: Factor Inhibiting HIF-1 alpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h2n
タイトルFactor Inhibiting HIF-1 alpha
要素HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA INHIBITOR
キーワードOXIDOREDUCTASE / TRANSCRIPTION ACTIVATOR / OXYGENASE / HYPOXIA / HYDROXYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding ...hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / Notch binding / oxygen sensor activity / negative regulation of Notch signaling pathway / NF-kappaB binding / positive regulation of myoblast differentiation / ferrous iron binding / transcription corepressor activity / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Helix Hairpins ...Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Helix Hairpins / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Elkins, J.M. / Hewitson, K.S. / McNeill, L.A. / Schlemminger, I. / Seibel, J.F. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structure of Factor-Inhibiting Hypoxia-Inducible Factor (Hif) Reveals Mechanism of Oxidative Modification of Hif-1Alpha
著者: Elkins, J.M. / Hewitson, K.S. / McNeill, L.A. / Seibel, J.F. / Schlemminger, I. / Pugh, C. / Ratcliffe, P. / Schofield, C.J.
履歴
登録2002年8月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8186
ポリマ－40,3281
非ポリマー4905
水543
1
A: HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA INHIBITOR
ヘテロ分子

A: HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,63712
ポリマ－80,6572
非ポリマー98010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area5320 Å2
ΔGint-131.55 kcal/mol
Surface area29910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.342, 86.342, 146.732
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細THE PROTEIN IS A DIMER FORMED BY CHAIN A.

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要素

#1: タンパク質 HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA INHIBITOR / HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR ASPARAGINE HYDROXYLASE / FACTOR INHIBITING HIF-1 / FIH1


分子量: 40328.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NWT6, peptide-aspartate beta-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE PROTEIN (CHAIN A) WAS CRYSTALLIZED IN THE PRESENCE OF A PEPTIDE FRAGEMENT FROM ENDOTHELIAL PAS ...THE PROTEIN (CHAIN A) WAS CRYSTALLIZED IN THE PRESENCE OF A PEPTIDE FRAGEMENT FROM ENDOTHELIAL PAS DOMAIN PROTEIN 1 SWISS-PROT ID Q99814 (RESIDUES 846-858) BUT NONE OF THE RESIDUES CORRESPONDING TO THE PEPTIDE WERE VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAPS. IT IS POSSIBLE THAT THE PEPTIDE DID NOT BIND TO THE PROTEIN AND HENCE HAS NOT BEEN INCLUDED IN THE COMPND, SOURCE AND SEQRES RECORDS. THE SEQUENCE OF THE FRAGMENT IS GIVEN BELOW. VAL ASN VAL PRO VAL LEU GLY SER SER THR LEU LEU GLN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: SEE REMARK 400
結晶化pH: 7.5
詳細: 1.2M AMMONIUM SULPHATE, 4% PEG400, 0.1M HEPES PH7.5 ARGON ATMOSPHERE, 11MG/ML PROTEIN WITH 1MM FE(II), 2.5MM AKG AND 2.5MM PEPTIDE (SEE REMARK 400), pH 7.50
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.2 Mammonium sulfate1reservoir
24 %PEG4001reservoir
30.1 MHEPES1reservoirpH7.5
411 mg/mlFIH1drop
51 mMFe2+1drop
62 mM2OG/NOG1drop
71 mMCAD fragment1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.92
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→34.1 Å / Num. obs: 13703 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.84→2.99 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.84→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 19.679 / SU ML: 0.398 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.852 / ESU R Free: 0.349 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: SEE REMARK 400
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1046 7.7 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.233 12577 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.02 Å20 Å20 Å2
2---1.02 Å20 Å2
3---2.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2689 0 26 3 2718
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0212791
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022388
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6281.9453799
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82335576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2683330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.08215479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023137
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02575
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2550.3717
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2240.32425
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.5165
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1020.51
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1120.53
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2560.314
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2730.362
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2140.54
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.0610.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3121.51659
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.59822675
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.05831132
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7954.51124
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.84→2.91 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.315 81
Rwork0.286 828
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.449 Å / Origin y: 27.42 Å / Origin z: 27.787 Å
111213212223313233
T0.223 Å20.0111 Å2-0.0923 Å2-0.0562 Å20.0525 Å2--0.0967 Å2
L1.6842 °21.5597 °21.1572 °2-4.4489 °22.3523 °2--2.0658 °2
S0.1098 Å °-0.2106 Å °-0.0766 Å °0.3449 Å °-0.0455 Å °0.2455 Å °0.3515 Å °-0.1199 Å °-0.0643 Å °
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.257 / Rfactor Rwork: 0.231
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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