PDB-1gyz: Bacterial ribosomal protein L20 from Aquifex aeolicus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1gyz

タイトル

Bacterial ribosomal protein L20 from Aquifex aeolicus

要素

50S RIBOSOMAL PROTEIN L20

キーワード

RIBOSOMAL PROTEIN / RIBOSOME / PROTEIN SYNTHESIS / TRANSLATIONAL CONTROL / RRNA-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能

生物種

AQUIFEX AEOLICUS (バクテリア)

手法

溶液NMR / HYBRID : DIANA, RESTRAINED SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Raibaud, S. / Lebars, I. / Bontems, F. / Dardel, F.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: NMR Structure of Bacterial Ribosomal Protein L20: Implications for Ribosome Assembly and Translational Control
著者: Raibaud, S. / Lebars, I. / Guillier, M. / Chiaruttini, C. / Bontems, F. / Rak, A. / Garber, M. / Allemand, F. / Springer, M. / Dardel, F.

履歴

登録	2002年5月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2002年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1gyz.cif.gz	378.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1gyz.ent.gz	315.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1gyz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1gyz_validation.pdf.gz	358.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1gyz_full_validation.pdf.gz	466.4 KB	表示
XML形式データ	1gyz_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	1gyz_validation.cif.gz	32.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/1gyz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/1gyz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2o88-2 2jsm-d 4pzn-3 3ny3-d 5w8z-d 6v2d-6 3lo4-d 1d3x-d 2mvt-d 5tn0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20

6.75 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	LOWEST DIANA TARGET FUNCTION
代表モデル	モデル #7

#1: タンパク質	50S RIBOSOMAL PROTEIN L20 分子量: 6754.834 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 59-118 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) AQUIFEX AEOLICUS (バクテリア) / 株: VF5 / プラスミド: PET11C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PUBS520 / 参照: UniProt: O67086

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	HNCA
1	2	1	NOESY-HMQC
1	3	1	TOCSY-HMQC
1	4	1	(H)CCH-TOCSY
1	5	1	NOESY
1	6	1	DQF-COSY
1	7	1	HNHA
1	8	1	HNHB

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED L20. THE FIRST 58 RESIDUES ARE PRESENT IN THE SAMPLE BUT ARE DISORDERED IN SOLUTION

-
試料調製

試料状態	イオン強度: 0.5 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 318 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.89	BRUNGER	精密化
DIANA			構造決定
X-PLOR			構造決定

精密化

手法: HYBRID : DIANA, RESTRAINED SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: RESTRAINED SIMUATED ANNEALING FOLLOWED BY A FINAL MINIMIZATION USING THE CHARMM22 FORCEFIELD

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST DIANA TARGET FUNCTION
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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