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万見
- PDB-5tn0: Solution Structure of the N-terminal DNA-binding domain of the ma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tn0
タイトルSolution Structure of the N-terminal DNA-binding domain of the master biofilm-regulator SinR from Bacillus subtilis
要素HTH-type transcriptional regulator SinR
キーワードTRANSCRIPTION / biofilm formation
機能・相同性
機能・相同性情報


protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
SinR repressor/SinI anti-repressor, dimerisation domain / SinR repressor/SinI anti-repressor, dimerisation domain superfamily / Anti-repressor SinI / Sin domain profile. / : / Helix-turn-helix / lambda repressor-like DNA-binding domains / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain ...SinR repressor/SinI anti-repressor, dimerisation domain / SinR repressor/SinI anti-repressor, dimerisation domain superfamily / Anti-repressor SinI / Sin domain profile. / : / Helix-turn-helix / lambda repressor-like DNA-binding domains / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator SinR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Draughn, G.L. / Bobay, B.G. / Stowe, S.D. / Thompson, R.J. / Cavanagh, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1-GM055769 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: The Solution Structures and Interaction of SinR and SinI: Elucidating the Mechanism of Action of the Master Regulator Switch for Biofilm Formation in Bacillus subtilis.
著者: Milton, M.E. / Draughn, G.L. / Bobay, B.G. / Stowe, S.D. / Olson, A.L. / Feldmann, E.A. / Thompson, R.J. / Myers, K.H. / Santoro, M.T. / Kearns, D.B. / Cavanagh, J.
履歴
登録2016年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator SinR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8481
ポリマ－7,8481
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4200 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy
詳細Monomer as determined by gel filtration

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator SinR


分子量: 7847.908 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-69 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: sinR, flaD, sin, BSU24610 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06533

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
123isotropic12D 1H-13C HSQC
132isotropic13D HNCA
142isotropic13D HN(CO)CA
152isotropic13D HNCO
1142isotropic13D HN(CA)CO
1132isotropic13D HN(CA)CB
1122isotropic13D CBCA(CO)NH
1111isotropic13D 1H-15N TOCSY
1102isotropic13D C(CO)NH
191isotropic13D 1H-15N NOESY
183isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM [U-15N] SinrN, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-13C; U-15N] SinrN, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O15N_13C_sample90% H2O/10% D2O
solution31 mM [U-13C; U-15N] SinRN, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 100% D2O15N_13C_D2O_sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMSinrN[U-15N]1
20 mMMESnatural abundance1
200 mMsodium chloridenatural abundance1
0.02 %sodium azidenatural abundance1
1 mMSinrN[U-13C; U-15N]2
20 mMMESnatural abundance2
200 mMsodium chloridenatural abundance2
0.02 %sodium azidenatural abundance2
1 mMSinRN[U-13C; U-15N]3
20 mMMESnatural abundance3
200 mMsodium chloridenatural abundance3
0.02 %sodium azidenatural abundance3
試料状態イオン強度: 200 mM / Label: conditions_1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
Amber14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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