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- PDB-1gu9: Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis Alkylperoxidase AhpD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gu9
タイトルCrystal Structure of Mycobacterium tuberculosis Alkylperoxidase AhpD
要素ALKYLHYDROPEROXIDASE D
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALKYLHYDROPEROXIDASE / TUBERCULOSIS
機能・相同性AhpD-like / AhpD-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Nunn, C.M. / Djordjevic, S. / Hillas, P.J. / Nishida, C. / Ortiz de Montellano, P.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: The Crystal Structure of Mycobacterium Tuberculosis Alkylhydroperoxidase Ahpd, a Potential Target for Antitubercular Drug Design
著者: Nunn, C.M. / Djordjevic, S. / Hillas, P.J. / Nishida, C. / Ortiz de Montellano, P.R.
履歴
登録2002年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月7日Group: Advisory / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _audit_author.name / _citation_author.name

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALKYLHYDROPEROXIDASE D
B: ALKYLHYDROPEROXIDASE D
C: ALKYLHYDROPEROXIDASE D
D: ALKYLHYDROPEROXIDASE D
E: ALKYLHYDROPEROXIDASE D
F: ALKYLHYDROPEROXIDASE D
G: ALKYLHYDROPEROXIDASE D
H: ALKYLHYDROPEROXIDASE D
I: ALKYLHYDROPEROXIDASE D
J: ALKYLHYDROPEROXIDASE D
K: ALKYLHYDROPEROXIDASE D
L: ALKYLHYDROPEROXIDASE D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,30612
ポリマ－227,30612
非ポリマー00
水15,259847
1
A: ALKYLHYDROPEROXIDASE D
B: ALKYLHYDROPEROXIDASE D
C: ALKYLHYDROPEROXIDASE D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8273
ポリマ－56,8273
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
D: ALKYLHYDROPEROXIDASE D
E: ALKYLHYDROPEROXIDASE D
F: ALKYLHYDROPEROXIDASE D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8273
ポリマ－56,8273
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
G: ALKYLHYDROPEROXIDASE D
H: ALKYLHYDROPEROXIDASE D
I: ALKYLHYDROPEROXIDASE D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8273
ポリマ－56,8273
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
J: ALKYLHYDROPEROXIDASE D
K: ALKYLHYDROPEROXIDASE D
L: ALKYLHYDROPEROXIDASE D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8273
ポリマ－56,8273
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)186.377, 117.280, 88.986
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
ALKYLHYDROPEROXIDASE D


分子量: 18942.205 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 847 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUE 104 IN ALL CHAINS WAS FOUND TO BE A METHIONINE FROM A PATTERSON AND SUBSEQUENT REFINEMENT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化pH: 6
詳細: 100MM SODIUM CITRATE BUFFER, PH 5.6, CONTAINING 200MM AMMONIUM ACETATE AND 26% PEG 4000. MIXED IN EQUAL VOLUME WITH AHPD (4.5 MG/ML) IN 25 MM MOPS BUFFER, PH 7.2, CONTAINING 50 MM KCL, 10% GLYCEROL, 0.1MM EDTA
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1100 mMsodium citrate1reservoirpH5.6
2200 mMammonium acetate1reservoir
326 %PEG40001reservoir
44.5 mg/mlprotein1drop
525 mMMOPS1droppH7.2
650 mM1dropKCl
710 %glycerol1drop
80.1 mMEDTA1drop
95.0 mMdithiothreitol1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.88550,0.918400,0.978900 , 0.97877
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.88551
20.91841
30.97891
40.978771
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 136927 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.75 / % possible all: 99.3
反射
*PLUS
最低解像度: 500 Å / Num. measured all: 1263412
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
HKLデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→29.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.313 13434 9.8 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.243 136435 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.9056 Å2 / ksol: 0.349187 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.61 Å20 Å20.36 Å2
2---0.91 Å20 Å2
3----1.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15327 0 0 847 16174
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00922
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3408
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.70926
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91609
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it11.0881.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it11.2952
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it11.9572
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it13.3992.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3937 1360 10 %
Rwork0.3176 12042 -
obs--98 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CN_PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMPROTEIN_BREAK.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CARBOHYDRATE.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 500 Å / Rfactor Rfree: 0.31
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 33.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.70926
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.91609

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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