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Yorodumi- PDB-5z9i: Identification of the functions of unusual cytochrome p450-like m... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5z9i | ||||||
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Title | Identification of the functions of unusual cytochrome p450-like monooxygenases involved in microbial secondary metablism | ||||||
Components | Putative P450-like enzyme | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / cytochrome p450 / monooxygenase | ||||||
Function / homology | Function and homology information oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptomyces himastatinicus ATCC 53653 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.199 Å | ||||||
Authors | Lu, M. / Lin, L. / Zhang, C. / Chen, Y. | ||||||
Citation | Journal: Chembiochem / Year: 2020 Title: Riboflavin Is Directly Involved in the N-Dealkylation Catalyzed by Bacterial Cytochrome P450 Monooxygenases. Authors: Zhang, C. / Lu, M. / Lin, L. / Huang, Z. / Zhang, R. / Wu, X. / Chen, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5z9i.cif.gz | 165.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5z9i.ent.gz | 129.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5z9i.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/5z9i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/5z9i | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44769.738 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: L340F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces himastatinicus ATCC 53653 (bacteria) Gene: hmtS / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: G0LWB2 |
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#2: Chemical | ChemComp-HEM / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 46.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: PEG 3350, Bis-Tris hydrochloride, ammonium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.97791 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 14, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97791 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→45.282 Å / Num. obs: 40569 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 3.442 % / Biso Wilson estimate: 36.63 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 13.17 / Num. measured all: 139630 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.199→45.282 Å / FOM work R set: 0.8494 / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 22.72 / Stereochemistry target values: ML Details: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 121.67 Å2 / Biso mean: 47.32 Å2 / Biso min: 19.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.199→45.282 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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