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- PDB-1gmn: CRYSTAL STRUCTURES OF NK1-HEPARIN COMPLEXES REVEAL THE BASIS FOR ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gmn
タイトルCRYSTAL STRUCTURES OF NK1-HEPARIN COMPLEXES REVEAL THE BASIS FOR NK1 ACTIVITY AND ENABLE ENGINEERING OF POTENT AGONISTS OF THE MET RECEPTOR
要素HEPATOCYTE GROWTH FACTOR
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / HGF/SF / HORMONE-GROWTH FACTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of p38MAPK cascade / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / Drug-mediated inhibition of MET activation / skeletal muscle cell proliferation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / MET receptor recycling ...regulation of p38MAPK cascade / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / Drug-mediated inhibition of MET activation / skeletal muscle cell proliferation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / MET receptor recycling / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / myoblast proliferation / MET activates PI3K/AKT signaling / MET activates PTK2 signaling / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / positive regulation of DNA biosynthetic process / chemoattractant activity / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / negative regulation of interleukin-6 production / positive regulation of interleukin-10 production / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of osteoblast differentiation / MET activates RAS signaling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Interleukin-7 signaling / negative regulation of autophagy / cell chemotaxis / platelet alpha granule lumen / liver development / epithelial cell proliferation / growth factor activity / cell morphogenesis / Negative regulation of MET activity / negative regulation of inflammatory response / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Platelet degranulation / PIP3 activates AKT signaling / mitotic cell cycle / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatocyte growth factor / Hepatocyte growth factor/Macrophage stimulatory protein / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / divergent subfamily of APPLE domains / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain ...Hepatocyte growth factor / Hepatocyte growth factor/Macrophage stimulatory protein / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / divergent subfamily of APPLE domains / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / 3-Layer(bba) Sandwich / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatocyte growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lietha, D. / Chirgadze, D.Y. / Mulloy, B. / Blundell, T.L. / Gherardi, E.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structures of Nk1-Heparin Complexes Reveal the Basis for Nk1 Activity and Enable Engineering of Potent Agonists of the met Receptor
著者: Lietha, D. / Chirgadze, D.Y. / Mulloy, B. / Blundell, T.L. / Gherardi, E.
履歴
登録2001年9月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02017年7月12日Group: Advisory / Atomic model / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...atom_site / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.symmetry
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEPATOCYTE GROWTH FACTOR
B: HEPATOCYTE GROWTH FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2525
ポリマ－42,3472
非ポリマー1,9063
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)86.560, 86.560, 117.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 HEPATOCYTE GROWTH FACTOR / SCATTER FACTOR / SF / HEPATOPOEITIN A


分子量: 21173.260 Da / 分子数: 2 / 断片: NK1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NK1 DIMER IN COMPLEX WITH HEPARIN MOLECULE / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PPIC-9K / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: P14210
#2: 多糖 2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose- ...2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1429.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,5,4/[a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O]/1-2-1-2-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-4-deoxy-IdopA2SO3]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAIN A ENGINEERED MUTATION: VAL(29)ALA, ASP(72)ASN CHAIN B ENGINEERED MUTATION: VAL(29)ALA, ASP(72) ...CHAIN A ENGINEERED MUTATION: VAL(29)ALA, ASP(72)ASN CHAIN B ENGINEERED MUTATION: VAL(29)ALA, ASP(72)ASN FUNCTION:HEPATOCYTE GROWTH FACTOR IS A POTENT MITOGEN FOR MATURE HEPATOCYTES AND ACTS AS A GROWTH FACTOR FOR A RANGE OF TISSUE AND CELL TYPES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 10% PEG8000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.55M SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE 0.10M SODIUM HEPES, PH 7.5
結晶化
*PLUS
pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.05 MTris-HCl1drop
20.1 M1dropNaCl
315 mg/mlprotein1drop
410 %PEG80001reservoir
58 %ethylene glycol1reservoir
60.1 Msodium HEPES1reservoir
70.55 Msodium dihydrogen phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→21 Å / Num. obs: 20349 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 53.1 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / Rsym value: 0.375 / % possible all: 99
反射
*PLUS
最低解像度: 21 Å / Rmerge(I) obs: 0.077
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.375

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1NK1 AND 1BHT

1nk1

1bht


解像度: 2.3→21 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 951 4.9 %RANDOM
Rwork0.262 ---
obs0.262 19580 95.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.6917 Å2 / ksol: 0.328784 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 57.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.98 Å2--
2---7.98 Å2-
3---15.97 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.35 Å
Luzzati d res low-21 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2170 0 116 67 2353
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.71.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.272
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.392.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 125 4.3 %
Rwork0.315 2783 -
obs--87.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3EPE.PAREPE.TOP
X-RAY DIFFRACTION4HEPARIN.PARAMHEPARIN.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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