PDB-1gkx: Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase (BCK)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1gkx

タイトル

Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase (BCK)

要素

[3-METHYL-2-OXOBUTANOATE DEHYDROGENASE [LIPOAMIDE]] KINASE

キーワード

TRANSFERASE / MITOCHONDRIAL PROTEIN KINASE / POTASSIUM

機能・相同性

機能・相同性情報

[3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase activity / Branched-chain amino acid catabolism / L-valine catabolic process / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / regulation of pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / L-isoleucine catabolic process / L-leucine catabolic process / oxoglutarate dehydrogenase complex / branched-chain amino acid catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Machius, M. / Chuang, J.L. / Wynn, R.M. / Tomchick, D.R. / Chuang, D.T.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Structure of Rat Bckd Kinase: Nucleotide-Induced Domain Communication in a Mitochondrial Protein Kinase.
著者: Machius, M. / Chuang, J.L. / Wynn, R.M. / Tomchick, D.R. / Chuang, D.T.

履歴

登録	2001年8月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2001年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2019年5月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: atom_site / exptl_crystal_grow ...atom_site / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 2.1	2020年3月11日	Group: Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly.details ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 2.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1gkx.cif.gz	77.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1gkx.ent.gz	57.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1gkx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1gkx_validation.pdf.gz	416.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1gkx_full_validation.pdf.gz	423.3 KB	表示
XML形式データ	1gkx_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	1gkx_validation.cif.gz	19.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/1gkx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/1gkx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gjvC 1gkzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tz0-1 4h85-1 3tz4-1 4h7q-1 4e00-1 4eqr-d 7aab-d 6u7l-1 2ond-d 4b9d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (3) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: [3-METHYL-2-OXOBUTANOATE DEHYDROGENASE [LIPOAMIDE]] KINASE

ヘテロ分子

44.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: [3-METHYL-2-OXOBUTANOATE DEHYDROGENASE [LIPOAMIDE]] KINASE

ヘテロ分子

A: [3-METHYL-2-OXOBUTANOATE DEHYDROGENASE [LIPOAMIDE]] KINASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
88.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.370, 129.370, 73.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	[3-METHYL-2-OXOBUTANOATE DEHYDROGENASE [LIPOAMIDE]] KINASE / BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETOACID DEHYDROGENASE KINASE 分子量: 44261.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-TERMINAL HIS6-TAG / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PTRCKINASEHIS6/PGROESL / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): CG-712 / 参照: UniProt: Q00972, EC: 2.7.1.115
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	CRYSTALLIZED VERSION CONTAINS A C-TERMINAL HIS6-TAG

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 64 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: VAPOR DIFFUSION, 20C, EQUAL AMOUNTS OF BCK (20 MG/ML IN 50 MM HEPES, PH 7.5, 1 M SODIUM CHLORIDE, 250 MM POTASSIUM CHLORIDE, 300 MM ARGININE, 20 MM BETA- MERCAPTOETHANOL, 2 MM BENZAMIDINE, 2 ...

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	20 mg/ml	protein	1	drop
2	50 mM	HEPES	1	drop
3	1 M		1	drop	NaCl
4	250 mM		1	drop	KCl
5	300 mM	arginine	1	drop
6	20 mM	beta-mercaptoethanol	1	drop
7	1 mM	benzamidine	1	drop
8	2 mM		1	drop	MgCl2
9	0.5 mM	PMSF	1	drop
10	10 %(v/v)	glycerol	1	drop
11	8 %(w/v)	PEG6000	1	reservoir
12	5 %(v/v)	ethylene glycol	1	reservoir
13	1 M		1	reservoir	NaCl
14	20 mM	beta-mercaptoethanol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.12713
検出器	タイプ: SBC-CAT / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.12713 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→48.52 Å / Num. obs: 27710 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.7 % / B_iso Wilson estimate: 65.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 29
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.674 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 97.5
反射	PLUS 最高解像度: 2.98 Å / 最低解像度: 35.5 Å / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs*: 0.023
反射シェル	PLUS 最高解像度: 2.98 Å / 最低解像度: 3.1 Å / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.785 / Mean I/σ(I) obs*: 2.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS	1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETOACID DEHYDROGENASE KINASE (BCK) COMPLEXED WITH ATP-GAMMA-S

解像度: 2.3→48.52 Å / R_factor R_free error: 0.007 / Data cutoff high absF: 722618.84 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.273	1407	5.3 %	RANDOM
R_work	0.241	-	-	-
obs	0.241	26532	94 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 50.1487 Å² / k_sol: 0.353714 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.5 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	1 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.4 Å	0.36 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.34 Å	0.37 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2492	0	4	87	2583

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	21.2
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.82
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.6	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.7	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.32	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.58	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.44 Å / R_factor R_free error: 0.026 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.378	219	5.6 %
R_work	0.379	3689	-
obs	-	-	84.9 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	ION.PARAM	ION.TOP
X-RAY DIFFRACTION	4	MY_ATP-CAB.PARAM	MY_ATP-CAB.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.98 Å / 最低解像度: 35.5 Å / Num. reflection obs: 11149 / Num. reflection R_free: 1542 / R_factor obs: 0.243 / R_factor R_free: 0.272

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	21.2
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.82

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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