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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gkc | ||||||
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タイトル | MMP9-inhibitor complex | ||||||
要素 | 92 KDA TYPE IV COLLAGENASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / MATRIX METALLOPROTEASE / HYDROLASE / GLYCOPROTEIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 gelatinase B / negative regulation of epithelial cell differentiation involved in kidney development / negative regulation of cation channel activity / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / cellular response to UV-A / positive regulation of keratinocyte migration / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Activation of Matrix Metalloproteinases ...gelatinase B / negative regulation of epithelial cell differentiation involved in kidney development / negative regulation of cation channel activity / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / cellular response to UV-A / positive regulation of keratinocyte migration / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Activation of Matrix Metalloproteinases / endodermal cell differentiation / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / response to amyloid-beta / macrophage differentiation / Collagen degradation / collagen catabolic process / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / extracellular matrix disassembly / ephrin receptor signaling pathway / positive regulation of DNA binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / collagen binding / cellular response to cadmium ion / embryo implantation / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / positive regulation of receptor binding / skeletal system development / Signaling by SCF-KIT / metalloendopeptidase activity / cellular response to reactive oxygen species / metallopeptidase activity / cell migration / tertiary granule lumen / peptidase activity / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / ficolin-1-rich granule lumen / Extra-nuclear estrogen signaling / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / serine-type endopeptidase activity / apoptotic process / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Rowsell, S. / Pauptit, R.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: Crystal Structure of Mmp9 in Complex with a Reverse Hydroxamate Inhibitor 著者: Rowsell, S. / Hawtin, P. / Minshull, C.A. / Jepson, H. / Brockbank, S. / Barratt, D. / Slater, A.M. / Mcpheat, W. / Waterson, D. / Henney, A. / Pauptit, R.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gkc.cif.gz | 83.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gkc.ent.gz | 62.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gkc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gkc_validation.pdf.gz | 981.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1gkc_full_validation.pdf.gz | 986.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1gkc_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gkc_validation.cif.gz | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/1gkc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/1gkc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.22861, -0.9625, 0.14604), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18384.408 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 107-215,391-443 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P14780, gelatinase B #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ZN / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE INITIAL METHIONINE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: THE CRYSTALLISATION DROPS CONTAINED A 1:1 MIXTURE OF PURIFIED COMPLEX SOLUTION (0.55 MG/ML PROTEIN AND 0.5 MM INHIBITOR SOLUTION CONCENTRATED TO ~4 MG/ML IN 20 MM TRIS- HCL PH 7.5, 2 MM ...詳細: THE CRYSTALLISATION DROPS CONTAINED A 1:1 MIXTURE OF PURIFIED COMPLEX SOLUTION (0.55 MG/ML PROTEIN AND 0.5 MM INHIBITOR SOLUTION CONCENTRATED TO ~4 MG/ML IN 20 MM TRIS- HCL PH 7.5, 2 MM CACL2, 50 MM NACL) AND RESERVOIR BUFFER (3.6 M NACL, 0.1 M HEPES PH 7.5). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 15 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1999年8月25日 / 詳細: SILICON MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→51.3 Å / Num. obs: 17375 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Rsym value: 0.479 / % possible all: 83 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 88.3 % / Num. measured all: 77726 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 83.3 % / Num. unique obs: 2656 / Num. measured obs: 10147 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HFS 解像度: 2.3→51.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: X-PLOR, CNS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MASK / Bsol: 47.85 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→51.3 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Rms dev Biso : 2.6 Å2 / Rms dev position: 0.09 Å / Weight Biso : 2 / Weight position: 50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.041 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 51.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.277 |