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- PDB-1ghv: A NOVEL SERINE PROTEASE INHIBITION MOTIF INVOLVING A MULTI-CENTER... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ghv
タイトルA NOVEL SERINE PROTEASE INHIBITION MOTIF INVOLVING A MULTI-CENTERED SHORT HYDROGEN BONDING NETWORK AT THE ACTIVE SITE
要素
  • (THROMBIN) x 2
  • ACETYL HIRUDIN
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / three-centered / very short hydrogen bond / oxyanion hole water / shift of pKa of His57 / structure-based drug design / specificity / urokinase / trypsin / thrombin / Zn+2-mediated inhibition / BLOOD CLOTTING / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lipid kinase activity / cytolysis by host of symbiont cells / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin ...positive regulation of lipid kinase activity / cytolysis by host of symbiont cells / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / negative regulation of astrocyte differentiation / negative regulation of platelet activation / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / acute-phase response / Regulation of Complement cascade / negative regulation of proteolysis / Cell surface interactions at the vascular wall / lipopolysaccharide binding / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of insulin secretion / platelet activation / response to wounding / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / blood coagulation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / heparin binding / regulation of cell shape / positive regulation of cell growth / G alpha (q) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hirudin / Proteinase inhibitor I14, hirudin / Thrombin inhibitor hirudin / Hirudin/antistatin / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain ...Hirudin / Proteinase inhibitor I14, hirudin / Thrombin inhibitor hirudin / Hirudin/antistatin / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-120 / Prothrombin / Hirudin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hirudo medicinalis (医用ビル)
手法X線回折 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Katz, B.A. / Elrod, K. / Luong, C. / Rice, M. / Mackman, R.L. / Sprengeler, P.A. / Spencer, J. / Hatayte, J. / Janc, J. / Link, J. ...Katz, B.A. / Elrod, K. / Luong, C. / Rice, M. / Mackman, R.L. / Sprengeler, P.A. / Spencer, J. / Hatayte, J. / Janc, J. / Link, J. / Litvak, J. / Rai, R. / Rice, K. / Sideris, S. / Verner, E. / Young, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: A novel serine protease inhibition motif involving a multi-centered short hydrogen bonding network at the active site.
著者: Katz, B.A. / Elrod, K. / Luong, C. / Rice, M.J. / Mackman, R.L. / Sprengeler, P.A. / Spencer, J. / Hataye, J. / Janc, J. / Link, J. / Litvak, J. / Rai, R. / Rice, K. / Sideris, S. / Verner, E. / Young, W.
履歴
登録2001年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52013年3月13日Group: Other
改定 1.62017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02023年12月27日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: THROMBIN
H: THROMBIN
I: ACETYL HIRUDIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4595
ポリマ－35,1823
非ポリマー2772
水8,629479
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.62, 72.07, 73.20
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 101.14, 90.0
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-395-

HOH

21H-1215-

HOH

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要素

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タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 LI

#1: タンパク質・ペプチド THROMBIN / E.C.3.4.21.5 / COAGULATION FACTOR II


分子量: 4096.534 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGHT CHAIN, RESIDUES 328-363 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734, thrombin
#3: タンパク質・ペプチド ACETYL HIRUDIN


分子量: 1491.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Hirudo medicinalis (医用ビル) / 参照: UniProt: P28504

-
タンパク質 , 1種, 1分子 H

#2: タンパク質 THROMBIN / E.C.3.4.21.5 / COAGULATION FACTOR II


分子量: 29594.055 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAVY CHAIN, RESIDUES 364-620 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734, thrombin

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非ポリマー , 3種, 481分子

#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-120 / 2-(2-OXO-1,2-DIHYDRO-PYRIDIN-3-YL)-1H-BENZOIMIDAZOLE-5-CARBOXAMIDINE


分子量: 254.267 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H12N5O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.8
詳細: PEG 4000, NaCl, pH 7.8, vapor diffusion, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 8.2 / PH range high: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
20.10 MHEPES1reservoirpH7.5 or 8.2
30.30 M1reservoirNaCl
422 %(v/v)PEG5000 MME1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→44.18 Å / Num. all: 72323 / Num. obs: 25435 / % possible obs: 35.2 % / Observed criterion σ(I): 0.8 / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 1.79→1.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.233 / Num. unique all: 975 / % possible all: 40.1
反射
*PLUS
冗長度: 1.6 % / Num. measured all: 41238

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SADIEデータ収集
SADIEデータ削減
SAINTデータ削減
X-PLOR3.851精密化
SADIEデータスケーリング
SAINTデータスケーリング
精密化解像度: 1.85→7 Å / σ(F): 1.7 / 立体化学のターゲット値: X-PLOR force field
詳細: Lys_H60F, Met_H84, Leu_H130, and Val_H157 were simultaneously refined in two conformations. His_H119 was placed into two conformations. Lys_H60F and Met_H84 were simultaneously refined in two ...詳細: Lys_H60F, Met_H84, Leu_H130, and Val_H157 were simultaneously refined in two conformations. His_H119 was placed into two conformations. Lys_H60F and Met_H84 were simultaneously refined in two conformations. No density was observed for Trp148, Thr149, Ala149A, Asn149B, Val149C, Gly149D, and Lys149E in the autolysis loop, and these residues are not included in the model. No density was observed for C-terminal residues of the heavy chain following Phe_H245. Residues after Phe_H245 are not included in the model. Disordered waters include: HOH395 which is in a special position. (It is close to a symmetry related equivalent of itself); HOH396 is close to a symmetry related equivalent of itself; HOH397 is close to a symmetry related equivalent of itself; The above "waters" correspond to density that is more electron dense than waters. The occupancies were allowed to refine to values greater than unity. HOH436 which is close to HOH437; HOH794 which is close to HOH795; HOH1187 which is close to HOH1188; HOH1215 is close to a symmetry related equivalent of itself. HIS_H91 and His_H119 are MONOPROTONATED ON the epsilon nitrogen
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 1783 -
Rwork0.188 --
obs0.191 18037 58 %
all-31098 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2417 0 20 479 2916
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.7
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 7 Å / σ(F): 1.7 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.191 / Rfactor obs: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 1.93 Å / Rfactor Rfree: 0.235 / Rfactor obs: 0.192

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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