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万見
- PDB-1ggo: T453A MUTANT OF PYRUVATE, PHOSPHATE DIKINASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ggo
タイトルT453A MUTANT OF PYRUVATE, PHOSPHATE DIKINASE
要素PROTEIN (PYRUVATE, PHOSPHATE DIKINASE)
キーワードTRANSFERASE / PHOSPHOTRANSFERASE / KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate, phosphate dikinase / pyruvate, phosphate dikinase activity / pyruvate metabolic process / kinase activity / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pyruvate Phosphate di-kinase; domain 2 / Pyruvate Phosphate Dikinase, domain 2 / Acyl-CoA Binding Protein - #30 / Pyruvate, phosphate dikinase / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding domain / Phosphohistidine domain / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site ...Pyruvate Phosphate di-kinase; domain 2 / Pyruvate Phosphate Dikinase, domain 2 / Acyl-CoA Binding Protein - #30 / Pyruvate, phosphate dikinase / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding domain / Phosphohistidine domain / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site / PEP-utilizing enzymes signature 2. / PEP-utilising enzyme, C-terminal / PEP-utilising enzyme, PEP-binding domain / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Phosphohistidine domain superfamily / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Acyl-CoA Binding Protein / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Glucose Oxidase; domain 1 / ATP-grasp fold, A domain / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyruvate, phosphate dikinase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium symbiosum (バクテリア)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Li, Z. / Herzberg, O.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Identification of domain-domain docking sites within Clostridium symbiosum pyruvate phosphate dikinase by amino acid replacement.
著者: Wei, M. / Li, Z. / Ye, D. / Herzberg, O. / Dunaway-Mariano, D.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996
タイトル: Swiveling-Domain Mechanism for Enzymatic Phosphotransfer between Remote Reaction Sites
著者: Herzberg, O. / Chen, C.C. / Kapadia, G. / McGuire, M. / Carroll, L.J. / Noh, S.J. / Dunaway-Mariano, D.
履歴
登録2000年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (PYRUVATE, PHOSPHATE DIKINASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8023
ポリマ－96,6101
非ポリマー1922
水4,089227
1
A: PROTEIN (PYRUVATE, PHOSPHATE DIKINASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (PYRUVATE, PHOSPHATE DIKINASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,6056
ポリマ－193,2202
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
2
A: PROTEIN (PYRUVATE, PHOSPHATE DIKINASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (PYRUVATE, PHOSPHATE DIKINASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,6056
ポリマ－193,2202
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4860 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area64650 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)89.730, 58.660, 102.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.58, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1003-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (PYRUVATE, PHOSPHATE DIKINASE) / PPDK


分子量: 96610.125 Da / 分子数: 1 / 変異: T453A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium symbiosum (バクテリア)
株: JM 101 / 遺伝子: PPDK / プラスミド: PACYC184D-12 / 遺伝子 (発現宿主): PPDK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM 101 / 参照: UniProt: P22983, pyruvate, phosphate dikinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.84 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 30 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150-55 %satammonium sulfate1reservoir
2100 mMHEPES1reservoir
310 mg/mlprotein1drop
420 mMimidazole1drop
5100 mM1dropKCl
60.1 mMEDTA1drop
71 mMmercaptoethanol1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年4月15日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 27567 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.236 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.236 / % possible all: 68
反射
*PLUS
Num. measured all: 43302
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 68 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.4精密化
X-GENデータ削減
X-GENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.6→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high rms absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 1016 5 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.177 21068 67 %-
溶媒の処理Bsol: 64 Å2 / ksol: 0.5 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6727 0 10 227 6964
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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