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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gdr | ||||||
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タイトル | MODEL FOR A DNA MEDIATED SYNAPTIC COMPLEX SUGGESTED BY CRYSTAL PACKING OF GAMMA DELTA RESOLVASE SUBUNITS | ||||||
![]() | GAMMA DELTA-RESOLVASE | ||||||
![]() | SITE-SPECIFIC RECOMBINASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Rice, P.A. / Steitz, T.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Model for a DNA-mediated synaptic complex suggested by crystal packing of gamma delta resolvase subunits. 著者: Rice, P.A. / Steitz, T.A. #1: ![]() タイトル: The Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Site Specific Recombination Enzyme Gd Resolvase at 2.7 Resolution 著者: Sanderson, M.R. / Freemont, P.S. / Rice, P.A. / Goldman, A. / Hatfull, G.F. / Grindley, N.D.F. #2: ![]() タイトル: Preliminary X-Ray Diffraction Studies of the Putative Catalytic Domain of Gd Resolvase from Escherichia Coli 著者: Abdel-Meguid, S.S. / Murthy, H.M.K. / Steitz, T.A. #3: ![]() タイトル: Cleavage of the Site-Specific Recombination Protein Gd Resolvase: The Smaller of Two Fragments Binds DNA Specifically 著者: Abdel-Muguid, S.S. / Grindley, N.D.F. / Templeton, N.S. / Steitz, T.A. #4: ![]() タイトル: Crystallization of Resolvase, a Repressor that Also Catalyzes Site-Specific DNA Recombination 著者: Weber, P.C. / Ollis, D.L. / Bebrin, W.R. / Abdel-Meguid, S.S. / Steitz, T.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 14 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 6.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 338.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 338.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THE MATRIX GIVEN BELOW WILL APPROXIMATELY SUPERIMPOSE MONOMER-B FROM THE C2221 CRYSTAL STRUCTURE ONTO THE THE STRUCTURE PRESENTED IN THIS ENTRY. 0.77672 0.02093 -0.62949 (X - 25.22352) + -9.96070 0.62967 -0.00232 0.77686 (X - 53.97461) + 43.29039 0.01480 -0.99978 -0.01498 (X - 47.00185) + 12.88526 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15515.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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構成要素の詳細 | THESE CRYSTALS DO NOT DIFFRACT AS WELL AS THE C2221 CRYSTAL FORM (PDB ENTRY 2RSL) AND ARE MAINLY OF ...THESE CRYSTALS DO NOT DIFFRACT AS WELL AS THE C2221 CRYSTAL FORM (PDB ENTRY 2RSL) AND ARE MAINLY OF INTEREST IN REGARDS TO CRYSTAL PACKING. THE AUTHORS HAVE PROPOSED A MODEL OF THE SYNAPTIC COMPLEX BASED ON THE PACKING OF PROTOMERS IN THIS UNIT CELL. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 30 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 6 / PH range high: 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 3.3 Å / Num. obs: 3455 / % possible obs: 85 % / Rmerge(I) obs: 0.049 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.31 / Rfactor obs: 0.31 / 最高解像度: 3.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 3.5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3.5 Å / Rfactor obs: 0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.55 |