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- PDB-1gak: CRYSTAL STRUCTURE OF GREEN ABALONE SP18 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gak
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF GREEN ABALONE SP18
要素FERTILIZATION PROTEIN
キーワードCELL ADHESION / helical bundle
機能・相同性Fertilization protein / Egg lysin (Sperm-lysin) / Egg-lysin superfamily / Egg lysin (Sperm-lysin) / Lysin / single fertilization / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Egg-lysin
機能・相同性情報
生物種Haliotis fulgens (クジャクアワビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Kresge, N. / Vacquier, V.D. / Stout, C.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / : 2001
タイトル: The crystal structure of a fusagenic sperm protein reveals extreme surface properties.
著者: Kresge, N. / Vacquier, V.D. / Stout, C.D.
履歴
登録2000年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERTILIZATION PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9551
ポリマ-16,9551
非ポリマー00
2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.760, 68.760, 67.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 FERTILIZATION PROTEIN / SP18


分子量: 16954.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haliotis fulgens (クジャクアワビ) / Cell: SPERM / 参照: UniProt: Q25063
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3
詳細: mPEG 5000, Ammonium Acetate, Sodium Phosphate, pH 3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 4.9
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
150 mMsodium acetate1drop
210 mg/mlprotein1drop
325 %mPEG50001reservoir
4200 mMammonium acetate1reservoir
5100 mMsodium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.77 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.77 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→59.76 Å / Num. all: 15134 / Num. obs: 15134 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 29.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 82274
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS0.9精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.85→60 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2473 828 5.3 %Random
Rwork0.227 ---
all-15596 --
obs-15278 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→60 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1151 0 0 142 1293
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009995
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.24185
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 60 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor obs: 0.227
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 26.5 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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