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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gak | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF GREEN ABALONE SP18 | ||||||
![]() | FERTILIZATION PROTEIN | ||||||
![]() | CELL ADHESION / helical bundle | ||||||
機能・相同性 | Fertilization protein / Egg lysin (Sperm-lysin) / Egg-lysin superfamily / Egg lysin (Sperm-lysin) / Lysin / single fertilization / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Egg-lysin![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kresge, N. / Vacquier, V.D. / Stout, C.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of a fusagenic sperm protein reveals extreme surface properties. 著者: Kresge, N. / Vacquier, V.D. / Stout, C.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 38.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 30.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 424.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 427.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16954.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.85 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3 詳細: mPEG 5000, Ammonium Acetate, Sodium Phosphate, pH 3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / pH: 4.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.77 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→59.76 Å / Num. all: 15134 / Num. obs: 15134 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 29.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 82274 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.9 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→60 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 60 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor obs: 0.227 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 26.5 Å2 |