[日本語] English
万見
- PDB-1gac: NMR structure of asymmetric homodimer of a82846b, a glycopeptide ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gac
タイトルNMR structure of asymmetric homodimer of a82846b, a glycopeptide antibiotic, complexed with its cell wall pentapeptide fragment
要素
  • CELL WALL PENTAPEPTIDE
  • CHLOROORIENTICIN A
キーワードPEPTIDE/ANTIBIOTIC / PEPTIDE-ANTIBIOTIC COMPLEX / CELL WALL PEPTIDE / GLYCOPEPTIDE / ANTIBIOTIC / VANCOMYCIN PEPTIDE-ANTIBIOTIC COMPLEX
機能・相同性Chloroorienticin A / vancosamine / :
機能・相同性情報
生物種AMYCOLATOPSIS ORIENTALIS (バクテリア)
手法溶液NMR
データ登録者Kline, A.D. / Prowse, W.G. / Skelton, M.A. / Loncharich, R.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Conformation of A82846B, a Glycopeptide Antibiotic, Complexed with its Cell Wall Fragment: An Asymmetric Homodimer Determined Using NMR Spectroscopy.
著者: Prowse, W.G. / Kline, A.D. / Skelton, M.A. / Loncharich, R.J.
履歴
登録1995年5月24日処理サイト: BNL
改定 1.01996年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_poly / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CELL WALL PENTAPEPTIDE
B: CELL WALL PENTAPEPTIDE
C: CHLOROORIENTICIN A
D: CHLOROORIENTICIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2488
ポリマ－3,2794
非ポリマー9694
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area2330 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)80 / 80
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド CELL WALL PENTAPEPTIDE


分子量: 489.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) AMYCOLATOPSIS ORIENTALIS (バクテリア)
#2: タンパク質・ペプチド CHLOROORIENTICIN A / A82846B / A82846 FACTOR B / CHLOROEREMOMYCIN


タイプ: Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1149.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: CHLOROORIENTICIN A IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE, GLYCOSYLATED BY ONE DISACCHARIDE ON RESIDUE 4 AND ONE MONOSACCHARIDE ON RESIDUE 6.
由来: (合成) AMYCOLATOPSIS ORIENTALIS (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00687, Chloroorienticin A
#3: 多糖 vancosamine-(1-2)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 323.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CHLOROORIENTICIN A IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE, GLYCOSYLATED BY ONE DISACCHARIDE ON RESIDUE 4 AND ONE MONOSACCHARIDE ON RESIDUE 6.
参照: Chloroorienticin A
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][ad621m-1a_1-5_3*C_3*N]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(2+1)][a-L-2,6-deoxy-Glcp3N]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-RER / vancosamine / (1R,3S,4S,5S)-3-amino-2,3,6-trideoxy-3-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranose


タイプ: L-saccharide, alpha linking, Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 161.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H15NO3
詳細: CHLOROORIENTICIN A IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE, GLYCOSYLATED BY ONE DISACCHARIDE ON RESIDUE 4 AND ONE MONOSACCHARIDE ON RESIDUE 6.
参照: Chloroorienticin A / コメント: 抗生剤*YM
構成要素の詳細CHLOROORIENTICIN A IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE, A MEMBER OF THE VANCOMYCIN FAMILY. THE SCAFFOLD IS ...CHLOROORIENTICIN A IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE, A MEMBER OF THE VANCOMYCIN FAMILY. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE WITH THE CONFIGURATION D-D-L-D-D-L-L. IT IS FURTHER GLYCOSYLATED BY ONE DISACCHARIDE AND ONE MONOSACCHARIDE HERE, CHLOROORIENTICIN A IS REPRESENTED BY GROUPING TOGETHER THE SEQUENCE (SEQRES) AND THE THREE LIGANDS (HET) BGC AND TWO RER.

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: CONCENTRATION = 5 MM

-
試料調製

試料状態pH: 5 / 温度: 273.65 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
解析

NMR software名称: CHARMM
開発者: BROOKS,BRUCCOLERI,OLAFSON,STATES,SWAMINATHAN, KARPLUS
分類: 精密化
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 80

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る