PDB-1rji: Solution Structure of BmKX, a novel potassium channel blocker fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1rji

タイトル

Solution Structure of BmKX, a novel potassium channel blocker from the Chinese Scorpion Buthus martensi Karsch

要素

potassium channel toxin KX

キーワード

TOXIN / 3-10 helix / beta sheet

機能・相同性

Knottin, scorpion toxin-like superfamily / extracellular region / Neurotoxin BmP08

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing, energy minimization

Model type details

minimized average

データ登録者

Cai, Z. / Wu, J. / Xu, Y. / Wang, C.-G. / Chi, C.-W. / Shi, Y.

引用

ジャーナル: Toxicon / 年: 2005
タイトル: A novel short-chain peptide BmKX from the Chinese scorpion Buthus martensi karsch, sequencing, gene cloning and structure determination
著者: Wang, C.-G. / Cai, Z. / Lu, W. / Wu, J. / Xu, Y. / Shi, Y. / Chi, C.-W.

履歴

登録	2003年11月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2003年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1rji.cif.gz	183.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1rji.ent.gz	152.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1rji.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/1rji ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/1rji	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2li3-d 1gac-d 5ngn-2 1dmd-d 6nw8-d 1eyo-d 2let-d 5ngn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: potassium channel toxin KX

3.33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	21 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: タンパク質・ペプチド	potassium channel toxin KX / BmKX 分子量: 3333.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: This sequence occurs naturally in the Chinese Scorpion Buthus martensi Karsch 参照: UniProt: Q7Z0H4
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	2D NOESY
2	4	2	2D TOCSY
2	5	2	E-COSY
2	6	2	2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	Phosphate buffer pH 5.0; 3mM BmKX	90% H2O/10% D2O
2	Phosphate buffer pH 5.0; 3mM BmKX	99.96% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	50mM phosphate	5	1 atm	300 K
2	50mM phosphate	5	1 atm	300 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XEASY	3.2	K. Wuthrich	データ解析
DIANA	2.8	K. Wuthrich	データ解析
CNS	1	Brunger, A.T.	構造決定
CNS	1	Brunger, A.T.	精密化

精密化

手法: simulated annealing, energy minimization / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 283 restraints, 245 are NOE-derived distance constraints, 19 dihedral angle restraints,19 distance restraints from hydrogen bonds.

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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