+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ngn | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Lybatide 2, a cystine-rich peptide from Lycium barbarum | |||||||||||||||
![]() | lybatide 2 | |||||||||||||||
![]() | PLANT PROTEIN / cysteine-rich peptide / pi-helix / wolfberry / disulfide bonds | |||||||||||||||
Function / homology | ACETONITRILE / Lybatide 2![]() | |||||||||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Lei, J. / Tan, W.L. / Sakai, N. / Hilgenfeld, R. | |||||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
| |||||||||||||||
![]() | ![]() Title: Lybatides from Lycium barbarum Contain An Unusual Cystine-stapled Helical Peptide Scaffold. Authors: Tan, W.L. / Wong, K.H. / Lei, J. / Sakai, N. / Tan, H.W. / Hilgenfeld, R. / Tam, J.P. | |||||||||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 31.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 23.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 443.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 443.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 8.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 11.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein/peptide | Mass: 3628.035 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #2: Chemical | ChemComp-GOL / | #3: Chemical | ChemComp-CCN / #4: Chemical | ChemComp-PG4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.02 Å3/Da / Density % sol: 39.15 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 4.5, 2% PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jul 24, 2015 | |||||||||
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
| |||||||||
Reflection | Resolution: 1.48→41.68 Å / Num. obs: 14465 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rpim(I) all: 0.014 / Net I/σ(I): 44.3 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.48→1.56 Å / Redundancy: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Mean I/σ(I) obs: 31.8 / Num. unique obs: 2057 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.017 / % possible all: 98.4 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 10.561 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.48→41.68 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|