PDB-1lir: LQ2 FROM LEIURUS QUINQUESTRIATUS, NMR, 22 STRUCTURES

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1lir

タイトル

LQ2 FROM LEIURUS QUINQUESTRIATUS, NMR, 22 STRUCTURES

要素

LQ2

キーワード

NEUROTOXIN / SCORPION / POTASSIUM CHANNEL BLOCKER / INWARD RECTIFIER POTASSIUM CHANNEL

機能・相同性

Scorpion short toxins signature. / Scorpion short chain toxin, potassium channel inhibitor / Scorpion short toxin, BmKK2 / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 1.2

機能・相同性情報

生物種

Leiurus quinquestriatus hebraeus (サソリ)

手法

溶液NMR / distance geometry

データ登録者

Renisio, J.G. / Lu, Z. / Blanc, E. / Jin, W. / Lewis, J.H. / Bornet, O. / Darbon, H.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 1999
タイトル: Solution structure of potassium channel-inhibiting scorpion toxin Lq2.
著者: Renisio, J.G. / Lu, Z. / Blanc, E. / Jin, W. / Lewis, J.H. / Bornet, O. / Darbon, H.

履歴

登録	1998年4月2日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1998年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Derived calculations / Other / Polymer sequence カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_status ...entity_poly / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.process_site ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1lir.cif.gz	254.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1lir.ent.gz	210.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1lir.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1lir_validation.pdf.gz	356.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1lir_full_validation.pdf.gz	479.7 KB	表示
XML形式データ	1lir_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	1lir_validation.cif.gz	24.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/1lir ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/1lir	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6avc-d 1dmd-d 1hp2-d 1bgk-d 5fzw-d 1ktx-d 6ggz-d 5ngn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (4) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: LQ2

4.35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	22 / 22	LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	LQ2 分子量: 4350.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leiurus quinquestriatus hebraeus (サソリ) 生物種: Leiurus quinquestriatus / 株: hebraeus / 器官: TELSON / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P45628
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	COSY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	NOESY

-
試料調製

試料状態	pH: 3 / 温度: 300 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX 500 / 製造業者: Bruker / モデル: DRX 500 / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
X-PLOR	モデル構築
X-PLOR	精密化
X-PLOR	位相決定

NMR software

名称	分類
DIANA	構造決定
X-PLOR	構造決定
X-PLOR	精密化

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 22 / 登録したコンフォーマーの数: 22

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