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- PDB-1go6: Balhimycin in complex with Lys-D-ala-D-ala -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1go6
タイトルBalhimycin in complex with Lys-D-ala-D-ala
要素
  • BALHIMYCIN
  • PEPTIDE LYS-DAL-DAL
キーワードANTIBIOTIC/PEPTIDE / GLYCOPEPTIDE / ANTIBIOTICS / ANTIBIOTIC-PEPTIDE COMPLEX / BACTERIAL CELL-WALL
機能・相同性Balhimycin / beta-D-glucopyranose / CITRIC ACID / Chem-DVC / :
機能・相同性情報
生物種AMYCOLATOPSIS SP. (バクテリア)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 0.98 Å
データ登録者Lehmann, C. / Bunkoczi, G. / Vertesy, L. / Sheldrick, G.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structures of Glycopeptide Antibiotics with Peptides that Model Bacterial Cell-Wall Precursors
著者: Lehmann, C. / Bunkoczi, G. / Vertesy, L. / Sheldrick, G.M.
履歴
登録2001年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年7月25日Group: Atomic model / Non-polymer description / Other
改定 1.32012年11月30日Group: Other
改定 1.42013年2月27日Group: Derived calculations
改定 1.52013年3月20日Group: Derived calculations
改定 1.62017年2月8日Group: Source and taxonomy
改定 2.02019年4月24日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: diffrn_source / entity_poly ...diffrn_source / entity_poly / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 2.22019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.52025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BALHIMYCIN
B: PEPTIDE LYS-DAL-DAL
C: BALHIMYCIN
D: PEPTIDE LYS-DAL-DAL
E: BALHIMYCIN
F: PEPTIDE LYS-DAL-DAL
G: BALHIMYCIN
H: PEPTIDE LYS-DAL-DAL
I: BALHIMYCIN
K: BALHIMYCIN
M: BALHIMYCIN
O: BALHIMYCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,41335
ポリマ－10,35712
非ポリマー4,05623
水4,666259
1
A: BALHIMYCIN
B: PEPTIDE LYS-DAL-DAL
C: BALHIMYCIN
D: PEPTIDE LYS-DAL-DAL
I: BALHIMYCIN
K: BALHIMYCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,22918
ポリマ－5,1796
非ポリマー2,05012
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-42.4 kcal/mol
Surface area6660 Å2
手法PISA
2
M: BALHIMYCIN
O: BALHIMYCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,3998
ポリマ－2,3002
非ポリマー1,0996
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-3.3 kcal/mol
Surface area2110 Å2
手法PISA
3
E: BALHIMYCIN
F: PEPTIDE LYS-DAL-DAL
G: BALHIMYCIN
H: PEPTIDE LYS-DAL-DAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7859
ポリマ－2,8794
非ポリマー9075
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-9.2 kcal/mol
Surface area3080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.927, 28.025, 50.707
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.9819, 0.18938, 0.00116), (0.18938, -0.9819, 0.00173), (0.00146, -0.00148, -1)-1.10154, 10.82174, 76.56329
2given(-0.73596, 0.64486, -0.20617), (-0.67696, -0.69685, 0.23691), (0.0091, 0.31393, 0.9494)131.91583, 61.36913, 7.03697
3given(-0.60778, -0.76943, 0.19645), (-0.79125, 0.56579, -0.23198), (0.06734, -0.29643, -0.95268)124.77338, 71.83916, 83.28141
4given(0.0734, 0.99339, -0.08829), (0.99491, -0.07907, -0.06249), (-0.06906, -0.08326, -0.99413)64.14457, -61.33841, 102.40584
5given(0.27739, -0.95464, 0.10828), (0.95595, 0.2855, 0.06815), (-0.09597, 0.08461, 0.99178)66.03882, -67.88586, 26.25597
6given(0.61084, -0.78998, 0.05292), (0.78383, 0.61281, 0.10043), (-0.11177, -0.01986, 0.99354)63.37468, -51.10247, 17.46341
7given(0.82123, 0.57059, -0.00089), (0.56936, -0.81956, -0.06448), (-0.03752, 0.05244, -0.99792)17.46895, 5.25723, 86.4636

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要素

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タンパク質・ペプチド , 2種, 12分子 ACEGIKMOBDFH

#1: タンパク質・ペプチド
BALHIMYCIN


タイプ: Glycopeptide / クラス: 抗生剤, Antimicrobial / 分子量: 1149.977 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
詳細: BALHIMYCIN IS A TRICYCLIC HEPTAPEPTIDE GLYCOSYLATED BY D-GLUCOSE (RESIDUE 8) ON RESIDUE 4 AND BY 4-OXO-VANCOSAMINE (RESIDUE 9) ON RESIDUE 6.
由来: (天然) AMYCOLATOPSIS SP. (バクテリア) / 株: Y-86, 21022 / 参照: NOR: NOR00709, Balhimycin
#2: タンパク質・ペプチド
PEPTIDE LYS-DAL-DAL


分子量: 289.351 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

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糖 , 2種, 16分子

#3: 糖
ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking, Glycopeptide / クラス: 抗生剤, Antimicrobial / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
詳細: BALHIMYCIN IS A TRICYCLIC HEPTAPEPTIDE GLYCOSYLATED BY D-GLUCOSE (RESIDUE 8) ON RESIDUE 4 AND BY 4-OXO-VANCOSAMINE (RESIDUE 9) ON RESIDUE 6.
参照: Balhimycin
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖
ChemComp-DVC / (2R,4S,6S)-4-azanyl-4,6-dimethyl-oxane-2,5,5-triol


タイプ: L-saccharide, alpha linking, Glycopeptide / クラス: 抗生剤, Antimicrobial / 分子量: 177.198 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H15NO4
詳細: BALHIMYCIN IS A TRICYCLIC HEPTAPEPTIDE GLYCOSYLATED BY D-GLUCOSE (RESIDUE 8) ON RESIDUE 4 AND BY 4-OXO-VANCOSAMINE (RESIDUE 9) ON RESIDUE 6.
参照: Balhimycin

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非ポリマー , 4種, 266分子

#5: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#6: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細BALHIMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE WITH THE CONFIGURATION D-D-L- ...BALHIMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE WITH THE CONFIGURATION D-D-L-D-D-L-L. IT IS FURTHER GLYCOSYLATED BY TWO MONOSACCHARIDES: A D-GLUCOSE AND A 4-OXO-VANCOSAMINE. HERE, BALHIMYCIN IS REPRESENTED GROUPING TOGETHER THE SEQUENCE (SEQRES) AND TWO LIGANDS (HET) DVC AND BGC GROUP: 1 NAME: BALHIMYCIN CHAIN: A, C, E, G, I, K, M, O COMPONENT_1: PEPTIDE LIKE SEQUENCE RESIDUES 1 TO 7 COMPONENT_2: SUGAR RESIDUES 8 AND 9 DESCRIPTION: BALHIMYCIN IS A TRICYCLIC HEPTAPEPTIDE GLYCOSYLATED BY D-GLUCOSE (RESIDUE 8) ON RESIDUE 4 AND BY 4-OXO-VANCOSAMINE (RESIDUE 9) ON RESIDUE 6.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.6 %
解説: ADDITIONAL DATA SET WAS COLLECTED AT CU KALPHA RADIATION
結晶化pH: 4 / 詳細: 0.3 M NA3CIT/H3CIT PH=4, 25% MPD, pH 4.00
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / pH: 4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Loll, P.J., (1999) J.Med.Chem., 42, 4714.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 mg/mlprotein1drop
20.3 MNa3Cit/H3Cit1reservoir
325 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9076
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9076 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.98→90 Å / Num. obs: 72913 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 14.81
反射 シェル解像度: 0.98→1.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.1774 / Mean I/σ(I) obs: 6.72 / % possible all: 95.5
反射
*PLUS
最低解像度: 90 Å / Rmerge(I) obs: 0.044
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.1 Å / % possible obs: 95.5 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 0.98→89 Å / Num. parameters: 12104 / Num. restraintsaints: 16491 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
StereochEM target val spec case: RESTRAINTS FOR BALHIMYCIN FROM CSD
立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1592 3629 5 %THIN SHELLS
all0.1303 72913 --
obs0.1288 -98.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER
Refine analyzeOccupancy sum hydrogen: 728.86 / Occupancy sum non hydrogen: 1106.67
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.98→89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数720 0 246 259 1225
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.045
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.096
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.097
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.076
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.063
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.082
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.1254 / Rfactor Rfree: 0.1542 / Rfactor Rwork: 0.1254
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.096
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.097

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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