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- PDB-1g9k: CRYSTAL STRUCTURE OF A PSYCHROPHILIC ALKALINE PROTEASE FROM PSEUD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g9k
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A PSYCHROPHILIC ALKALINE PROTEASE FROM PSEUDOMONAS TAC II 18
要素SERRALYSIN
キーワードHYDROLASE / beta jelly roll
機能・相同性
機能・相同性情報


serralysin / extracellular matrix / metalloendopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Metallo-peptidase family M12B Reprolysin-like / Peptidase M10B / Serralysin-like metallopeptidase domain / Peptidase M10 serralysin, C-terminal / Peptidase M10 serralysin C terminal / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / 2 Solenoid / Alkaline Protease, subunit P, domain 1 / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. ...Metallo-peptidase family M12B Reprolysin-like / Peptidase M10B / Serralysin-like metallopeptidase domain / Peptidase M10 serralysin, C-terminal / Peptidase M10 serralysin C terminal / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / 2 Solenoid / Alkaline Protease, subunit P, domain 1 / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Aghajari, N. / Haser, R.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2003
タイトル: Crystal structures of a psychrophilic metalloprotease reveal new insights into catalysis by cold-adapted proteases
著者: Aghajari, N. / Van Petegem, F. / Villeret, V. / Chessa, J.P. / Gerday, C. / Haser, R. / Van Beeumen, J.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1993
タイトル: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE ALKALINE PROTEASE OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA: A TWO-DOMAIN PROTEIN WITH A CALCIUM BINDING PARALLEL BETA ROLL MOTIF
著者: Baumann, U. / Wu, S. / Flaherty, K.M. / McKay, D.B.
履歴
登録2000年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE AUTHORS CLAIM THAT THE RESIDUE 22 (33 IN SEQUENCE DATABASE) IS ASP (AND NOT GLU) AS JUDGED ...SEQUENCE AUTHORS CLAIM THAT THE RESIDUE 22 (33 IN SEQUENCE DATABASE) IS ASP (AND NOT GLU) AS JUDGED FROM ELECTRON DENSITY MAP

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERRALYSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,17010
ポリマ－48,7281
非ポリマー4429
水6,395355
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: SERRALYSIN
ヘテロ分子

A: SERRALYSIN
ヘテロ分子

A: SERRALYSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,50930
ポリマ－146,1833
非ポリマー1,32627
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area6980 Å2
ΔGint-273 kcal/mol
Surface area50470 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)186.010, 186.010, 37.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 SERRALYSIN / CALCIUM AND ZINC DEPENDENT ALKALINE PROTEASE


分子量: 48727.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas (バクテリア) / 属: Pseudomonas / 株: TAC II 18 / 参照: UniProt: O69771, serralysin
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: ammonium sulphate, Hepes, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 詳細: Villeret, V., (1997) Protein Sci., 6, 2462.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.6 Mammonium sulfate1reservoir
20.1 MHEPES1reservoirpH7.0
315 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 289 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FU581 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年10月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→93.01 Å / Num. all: 34749 / Num. obs: 33263 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.96→2.01 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.268 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 2029 / % possible all: 87.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: A lower resolution structure (not yet deposited) solved by the molecular replacement method using pdb entry 1KAP as a search model

1kap


解像度: 1.96→46.13 Å
Isotropic thermal model: overall anisotropic B-factor correction algorithm from CNS
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.187 3304 -random
Rwork0.156 ---
all-35179 --
obs-33261 94.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→46.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3387 0 13 355 3755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.179
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.65
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.159
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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