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- PDB-1g5j: COMPLEX OF BCL-XL WITH PEPTIDE FROM BAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g5j
タイトルCOMPLEX OF BCL-XL WITH PEPTIDE FROM BAD
要素
  • APOPTOSIS REGULATOR BCL-X
  • BAD PROTEIN
キーワードAPOPTOSIS / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP metabolic process / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of type B pancreatic cell development / BAD-BCL-2 complex / pore complex assembly / glucose catabolic process / apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death ...ADP metabolic process / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of type B pancreatic cell development / BAD-BCL-2 complex / pore complex assembly / glucose catabolic process / apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / cysteine-type endopeptidase activator activity / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / type B pancreatic cell proliferation / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / cellular response to lipid / regulation of growth / AKT phosphorylates targets in the cytosol / positive regulation of mitochondrial membrane potential / Bcl-2 family protein complex / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / positive regulation of T cell differentiation / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / positive regulation of B cell differentiation / NRAGE signals death through JNK / response to cycloheximide / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / hepatocyte apoptotic process / cellular response to alkaloid / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / negative regulation of reproductive process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of developmental process / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / apoptotic mitochondrial changes / germ cell development / BH3 domain binding / positive regulation of proteolysis / negative regulation of anoikis / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / ATP metabolic process / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway / response to cytokine / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of autophagy / negative regulation of autophagy / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / epithelial cell proliferation / regulation of cytokinesis / positive regulation of epithelial cell proliferation / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to gamma radiation / phospholipid binding / positive regulation of insulin secretion / RAS processing / cellular response to nicotine / male gonad development / endocytosis / cytokine-mediated signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / synaptic vesicle membrane / glucose homeostasis / channel activity / neuron apoptotic process / spermatogenesis / protein phosphatase binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / nuclear membrane / cellular response to hypoxia / defense response to virus / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial inner membrane / positive regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / apoptotic process / lipid binding / centrosome / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Bcl2-associated agonist of cell death / Pro-apoptotic Bcl-2 protein, BAD / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 ...Bcl2-associated agonist of cell death / Pro-apoptotic Bcl-2 protein, BAD / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-associated agonist of cell death
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Petros, A.M. / Nettesheim, D.G. / Wang, Y. / Olejniczak, E.T. / Meadows, R.P. / Mack, J. / Swift, K. / Matayoshi, E.D. / Zhang, H. / Thompson, C.B. / Fesik, S.W.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Rationale for Bcl-xL/Bad peptide complex formation from structure, mutagenesis, and biophysical studies.
著者: Petros, A.M. / Nettesheim, D.G. / Wang, Y. / Olejniczak, E.T. / Meadows, R.P. / Mack, J. / Swift, K. / Matayoshi, E.D. / Zhang, H. / Thompson, C.B. / Fesik, S.W.
履歴
登録2000年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APOPTOSIS REGULATOR BCL-X
B: BAD PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0862
ポリマ－23,0862
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルminimized average structure

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要素

#1: タンパク質 APOPTOSIS REGULATOR BCL-X


分子量: 19976.037 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-209 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCLX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07817
#2: タンパク質・ペプチド BAD PROTEIN


分子量: 3109.521 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 140-164 / Mutation: E320K, G321D, G325K / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The BAD peptide was chemically synthesized. / 参照: UniProt: Q92934

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
2223D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細内容: 15N-Bcl-xL/unlabeled Bad peptide; 15N,13C-Bcl-xL/unlabelled Bad peptide
溶媒系: H2O; D2O
試料状態イオン強度: 40 mM sodium phosphate / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 開発者: Brunger, A. / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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