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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g09 | ||||||
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タイトル | CARBONMONOXY LIGANDED BOVINE HEMOGLOBIN PH 7.2 | ||||||
要素 |
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キーワード | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / bovine / hemoglobin / liganded / carbonmonoxy / protoporphyrin IX / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Scavenging of heme from plasma / Heme signaling / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Cytoprotection by HMOX1 / Neutrophil degranulation / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding ...Scavenging of heme from plasma / Heme signaling / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Cytoprotection by HMOX1 / Neutrophil degranulation / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.04 Å | ||||||
データ登録者 | Mueser, T.C. / Rogers, P.H. / Arnone, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Interface sliding as illustrated by the multiple quaternary structures of liganded hemoglobin. 著者: Mueser, T.C. / Rogers, P.H. / Arnone, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g09.cif.gz | 127.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1g09.ent.gz | 101.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g09.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1g09_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1g09_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1g09_validation.xml.gz | 26.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1g09_validation.cif.gz | 34.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/1g09 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/1g09 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer constructed from the heterodimer of chain A (alpha) and chain B (beta) and the heterodimer of chain C (alpha) and chain D (beta) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15077.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: P01966 #2: タンパク質 | 分子量: 15977.382 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: P02070 #3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 化合物 | ChemComp-CMO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.75 % | |||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: バッチ法 / pH: 7.2 詳細: sodium/potassium phosphate, pH 7.2, Batch, temperature 298K | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.04→34.07 Å / Num. all: 38205 / Num. obs: 36593 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 29.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 10.25 |
反射 シェル | 解像度: 2.03→2.19 Å / 冗長度: 3.02 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Num. unique all: 6039 / % possible all: 81 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 210904 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 81 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.04→8 Å / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.04→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 27.5 Å2 |