[日本語] English
万見
- PDB-1fzv: THE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PLACENTA GROWTH FACTOR-1 (PLGF-1),... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fzv
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PLACENTA GROWTH FACTOR-1 (PLGF-1), AN ANGIOGENIC PROTEIN AT 2.0A RESOLUTION
要素PLACENTA GROWTH FACTOR
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / cysteine-knot family / growth factor / angiogenesis / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / positive regulation of mast cell chemotaxis / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / induction of positive chemotaxis / sprouting angiogenesis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / chemoattractant activity / positive regulation of cell division / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway ...vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / positive regulation of mast cell chemotaxis / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / induction of positive chemotaxis / sprouting angiogenesis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / chemoattractant activity / positive regulation of cell division / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / growth factor activity / cell-cell signaling / heparin binding / cell differentiation / response to hypoxia / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular space / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
: / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine ...: / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Placenta growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Iyer, S. / Leonidas, D.D. / Swaminathan, G.J. / Maglione, D. / Battisti, M. / Tucci, M. / Persico, M.G. / Acharya, K.R.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: The crystal structure of human placenta growth factor-1 (PlGF-1), an angiogenic protein, at 2.0 A resolution.
著者: Iyer, S. / Leonidas, D.D. / Swaminathan, G.J. / Maglione, D. / Battisti, M. / Tucci, M. / Persico, M.G. / Acharya, K.R.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1991
タイトル: Isolation of a human placenta cDNA coding for a protein related to the vascular permeability factor
著者: Magloine, D. / Guerriero, V. / Viglietto, G. / Delli-Bovi, P. / Persico, M.G.
#2: ジャーナル: Lab.Invest. / 年: 1997
タイトル: Placenta Growth Factor-1 is Chemotactic, Mitogenic, and Angiogenic
著者: Ziche, M. / Maglione, D. / Ribatti, D. / Morbidelli, L. / Lago, C.T. / Battisti, M. / Paoletti, I. / Barra, A. / Tucci, M. / Parise, G. / Vincenti, V. / Granger, H.J. / Viglietto, G. / Persico, M.G.
#3: ジャーナル: Farmaco / 年: 2000
タイトル: Recombinant production of PlGF-1 and its activity in animal models.
著者: Maglione, D. / Battisti, M. / Tucci, M.
履歴
登録2000年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PLACENTA GROWTH FACTOR
B: PLACENTA GROWTH FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9804
ポリマ－29,7442
非ポリマー2362
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area12160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.600, 62.600, 84.107
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
詳細Chain A and Chain B of the molecule form a Homodimer which is the biological unit of this protein.

-
要素

#1: タンパク質 PLACENTA GROWTH FACTOR / PLGF-1


分子量: 14872.065 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: PLACENTA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49763
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.57 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: MES, MPD and Calcium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 16K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 50 %
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 mg/mlprotein1drop
20.05 MMES1drop
310 mM1dropCaCl2
47.5 %(v/v)MPD1drop
50.1 MMES1reservoir
620 mM1reservoirCaCl2
715 %(v/v)MPD1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. all: 21945 / Num. obs: 20658 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 24.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 19.67
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.364 / Num. unique all: 2075 / % possible all: 90.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 161044
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化解像度: 2→39.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 223442.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 811 3.9 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 21067 94 %-
all-21945 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.2 Å2 / ksol: 0.452 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1546 0 0 148 1694
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.15
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.661.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it32
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.492
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.392.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.463 133 4.1 %
Rwork0.382 3099 -
obs--89.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3mpd.paramMPD.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 3.9 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 33.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.15
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.463 / % reflection Rfree: 4.1 % / Rfactor Rwork: 0.382

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る