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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fx7 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE IRON-DEPENDENT REGULATOR (IDER) FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS | ||||||
![]() | IRON-DEPENDENT REPRESSOR IDER | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / IdeR / DtxR / iron-dependent regulator / Mycobacterium tuberculosis | ||||||
機能・相同性 | ![]() catechol-containing siderophore biosynthetic process / cobalt ion binding / cadmium ion binding / nickel cation binding / transition metal ion binding / peptidoglycan-based cell wall / ferrous iron binding / manganese ion binding / response to oxidative stress / protein dimerization activity ...catechol-containing siderophore biosynthetic process / cobalt ion binding / cadmium ion binding / nickel cation binding / transition metal ion binding / peptidoglycan-based cell wall / ferrous iron binding / manganese ion binding / response to oxidative stress / protein dimerization activity / iron ion binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Feese, M.D. / Ingason, B.P. / Goranson-Siekierke, J. / Holmes, R.K. / Hol, W.J.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the iron-dependent regulator from Mycobacterium tuberculosis at 2.0-A resolution reveals the Src homology domain 3-like fold and metal binding function of the third domain. 著者: Feese, M.D. / Ingason, B.P. / Goranson-Siekierke, J. / Holmes, R.K. / Hol, W.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 208.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 164.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Asymmetric unit contains two functional dimers that comprise chains A & B, and chains C & D. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25281.846 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PBLUESCRIPT KS / Organelle (発現宿主): TB444 COSMID / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-CO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.07 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 2.0 M lithium sulfate 0.01 M magnesium chloride 0.1 M MES buffer ~0.1 mM 21 bp duplex DNA oligomer, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: microdialysis | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 82283 / Num. obs: 82283 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 28.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Num. unique all: 3171 / % possible all: 75.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 896284 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 75.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→20 Å / SU ML: 0.12 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: restrained Maximum Likelihood by Conjugate Direction in Refmac with anisotropic overall B factors, isotropic individual B factors, and Moews & Krezinger (J Mol Biol. 1975 Jan 15;91(2):229-32) ...詳細: restrained Maximum Likelihood by Conjugate Direction in Refmac with anisotropic overall B factors, isotropic individual B factors, and Moews & Krezinger (J Mol Biol. 1975 Jan 15;91(2):229-32) type bulk solvent correction
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'REFMAC AND TNT5E' / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection Rfree: 5 / Rfactor obs: 0.214 | |||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.04 Å / Rfactor Rfree: 0.316 / Num. reflection obs: 3201 / Rfactor obs: 0.24 |