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- PDB-1fx7: CRYSTAL STRUCTURE OF THE IRON-DEPENDENT REGULATOR (IDER) FROM MYC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fx7
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE IRON-DEPENDENT REGULATOR (IDER) FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS
要素IRON-DEPENDENT REPRESSOR IDER
キーワードSIGNALING PROTEIN / IdeR / DtxR / iron-dependent regulator / Mycobacterium tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


catechol-containing siderophore biosynthetic process / cobalt ion binding / cadmium ion binding / nickel cation binding / transition metal ion binding / peptidoglycan-based cell wall / ferrous iron binding / manganese ion binding / response to oxidative stress / protein dimerization activity ...catechol-containing siderophore biosynthetic process / cobalt ion binding / cadmium ion binding / nickel cation binding / transition metal ion binding / peptidoglycan-based cell wall / ferrous iron binding / manganese ion binding / response to oxidative stress / protein dimerization activity / iron ion binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Diphteria toxin repressor, SH3 domain / Diphteria toxin repressor SH3 domain / FeoA domain / Ferrous iron transport protein A (FeoA) / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Ferrous iron transporter, core domain / : / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 ...Diphteria toxin repressor, SH3 domain / Diphteria toxin repressor SH3 domain / FeoA domain / Ferrous iron transport protein A (FeoA) / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Ferrous iron transporter, core domain / : / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Iron dependent repressor / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain superfamily / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Helix-turn-helix diphteria tox regulatory element / Transcriptional repressor, C-terminal / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / SH3 type barrels. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Iron-dependent repressor IdeR / Iron-dependent repressor IdeR
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Feese, M.D. / Ingason, B.P. / Goranson-Siekierke, J. / Holmes, R.K. / Hol, W.J.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the iron-dependent regulator from Mycobacterium tuberculosis at 2.0-A resolution reveals the Src homology domain 3-like fold and metal binding function of the third domain.
著者: Feese, M.D. / Ingason, B.P. / Goranson-Siekierke, J. / Holmes, R.K. / Hol, W.G.
履歴
登録2000年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IRON-DEPENDENT REPRESSOR IDER
B: IRON-DEPENDENT REPRESSOR IDER
C: IRON-DEPENDENT REPRESSOR IDER
D: IRON-DEPENDENT REPRESSOR IDER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,52734
ポリマ－101,1274
非ポリマー2,39930
水14,268792
1
A: IRON-DEPENDENT REPRESSOR IDER
B: IRON-DEPENDENT REPRESSOR IDER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,97419
ポリマ－50,5642
非ポリマー1,41017
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-207 kcal/mol
Surface area20590 Å2
手法PISA
2
C: IRON-DEPENDENT REPRESSOR IDER
D: IRON-DEPENDENT REPRESSOR IDER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,55315
ポリマ－50,5642
非ポリマー98913
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area19320 Å2
手法PISA
3
A: IRON-DEPENDENT REPRESSOR IDER
B: IRON-DEPENDENT REPRESSOR IDER
ヘテロ分子

C: IRON-DEPENDENT REPRESSOR IDER
D: IRON-DEPENDENT REPRESSOR IDER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,52734
ポリマ－101,1274
非ポリマー2,39930
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area8920 Å2
ΔGint-340 kcal/mol
Surface area38610 Å2
手法PISA
4
A: IRON-DEPENDENT REPRESSOR IDER
B: IRON-DEPENDENT REPRESSOR IDER
ヘテロ分子

C: IRON-DEPENDENT REPRESSOR IDER
D: IRON-DEPENDENT REPRESSOR IDER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,52734
ポリマ－101,1274
非ポリマー2,39930
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x+1/2,-y+3/2,-z1
Buried area8600 Å2
ΔGint-334 kcal/mol
Surface area38930 Å2
手法PISA
5
A: IRON-DEPENDENT REPRESSOR IDER
ヘテロ分子

C: IRON-DEPENDENT REPRESSOR IDER
ヘテロ分子

D: IRON-DEPENDENT REPRESSOR IDER
ヘテロ分子

B: IRON-DEPENDENT REPRESSOR IDER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,52734
ポリマ－101,1274
非ポリマー2,39930
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_564-x+1/2,-y+1,z-1/21
crystal symmetry operation4_565x+1/2,-y+3/2,-z1
crystal symmetry operation4_555x+1/2,-y+1/2,-z1
Buried area8000 Å2
ΔGint-328 kcal/mol
Surface area39530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.309, 113.970, 236.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Asymmetric unit contains two functional dimers that comprise chains A & B, and chains C & D.

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要素

#1: タンパク質
IRON-DEPENDENT REPRESSOR IDER


分子量: 25281.846 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
プラスミド: PBLUESCRIPT KS / Organelle (発現宿主): TB444 COSMID / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A672, UniProt: P9WMH1*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 792 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 2.0 M lithium sulfate 0.01 M magnesium chloride 0.1 M MES buffer ~0.1 mM 21 bp duplex DNA oligomer, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18-10 mg/mlprotein11
250 mM12NaCl
310 mMTris-HCl12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0332
検出器タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 82283 / Num. obs: 82283 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 28.6
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Num. unique all: 3171 / % possible all: 75.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 896284
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75.4 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
直接法モデル構築
REFMAC精密化
TNT精密化
DENZOデータ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
直接法位相決定
精密化解像度: 2→20 Å / SU ML: 0.12 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: restrained Maximum Likelihood by Conjugate Direction in Refmac with anisotropic overall B factors, isotropic individual B factors, and Moews & Krezinger (J Mol Biol. 1975 Jan 15;91(2):229-32) ...詳細: restrained Maximum Likelihood by Conjugate Direction in Refmac with anisotropic overall B factors, isotropic individual B factors, and Moews & Krezinger (J Mol Biol. 1975 Jan 15;91(2):229-32) type bulk solvent correction
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 5 -5% of reflections reserved using the UNIQUEIFY script from CCP4
Rwork0.214 ---
all-82283 --
obs-82283 95.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6927 0 98 792 7817
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.6
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor16.7
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor26.6
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it5.7
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it6.7
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'REFMAC AND TNT5E' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection Rfree: 5 / Rfactor obs: 0.214
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONt_mcbond_it5.7
X-RAY DIFFRACTIONt_scbond_it6.7
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.04 Å / Rfactor Rfree: 0.316 / Num. reflection obs: 3201 / Rfactor obs: 0.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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